Выполнение входа с помощью идентификатора Apple ID
Учетная запись Apple ID используется для доступа ко всем сервисам Apple и обеспечивает слаженное взаимодействие всех ваших устройств. После входа в учетную запись вы можете использовать App Store, iCloud, iMessage, Apple Music, Apple TV+, а также другие приложения и сервисы.
Вход в учетную запись на iPhone, iPad или iPod touch
- Откройте приложение «Настройки».
- Нажмите «Вход на [устройство]».
- Введите идентификатор Apple ID и пароль.
- Если потребуется, введите шестизначный проверочный код, отправленный на доверенное устройство или номер телефона, и завершите процедуру входа.
Если на устройстве iPhone, объединенном в пару с часами Apple Watch, выполнен вход в iCloud, будет автоматически выполнен вход в ту же учетную запись Apple ID. Узнайте больше о том, как настроить часы Apple Watch и войти в свою учетную запись.
Вход в учетную запись на компьютере Mac
- Выберите меню Apple > «Системные настройки».
- Нажмите кнопку «Войти».
- Введите идентификатор Apple ID и пароль.
- Если потребуется, введите шестизначный проверочный код, отправленный на доверенное устройство или номер телефона, и завершите процедуру входа.
Вход в учетную запись на устройстве Apple TV
Вход в учетную запись в приложениях и на других устройствах
Идентификатор Apple ID можно использовать на некоторых устройствах сторонних производителей для выполнения входа в сервисы Apple, такие как Apple Music, приложение Apple TV и т. д.
В зависимости от используемого устройства, может потребоваться ввести пароль для приложения.
Вход в учетную запись для использования сервиса Apple Music, приложения Apple TV и т. д. на других устройствах
Вход в учетную запись для использования iCloud на других устройствах
Использование функции «Вход с Apple» в сторонних приложениях и на веб-сайтах
При первом входе в App Store и другие медиасервисы может потребоваться добавить данные кредитной карты или другую платежную информацию. Войти в App Store и другие медиасервисы с использованием нескольких идентификаторов Apple ID одновременно или обновить содержимое, приобретенное с использованием другого идентификатора Apple ID, невозможно. В зависимости от того, как был создан ваш идентификатор Apple ID, вам может быть предложено настроить двухфакторную аутентификацию на поддерживающем ее устройстве.
Дополнительная информация
Информация о продуктах, произведенных не компанией Apple, или о независимых веб-сайтах, неподконтрольных и не тестируемых компанией Apple, не носит рекомендательного или одобрительного характера. Компания Apple не несет никакой ответственности за выбор, функциональность и использование веб-сайтов или продукции сторонних производителей. Компания Apple также не несет ответственности за точность или достоверность данных, размещенных на веб-сайтах сторонних производителей. Обратитесь к поставщику за дополнительной информацией.
Дата публикации:
Вход в конференцию – Zoom Центр справки и поддержки
Обзор
В этой статье рассматриваются способы входа в мгновенную конференцию с использованием приглашения из электронного письма, приглашения из мгновенного сообщения, вход в браузере, настольном и мобильном приложении Zoom, по стационарному или мобильному телефону и с устройства H.323 или SIP.
Перед входом в конференцию Zoom с компьютера или мобильного устройства вы можете загрузить приложение Zoom из Центра загрузок. В противном случае, после перехода по ссылке для входа в конференцию отобразится запрос на загрузку и установку приложения Zoom.
Вы также можете войти в тестовую конференцию, чтобы ознакомиться с интерфейсом приложения Zoom.
Необходимые условия
- Откройте клиент Zoom для ПК.
- Войдите в конференцию одним из следующих способов.
- Нажмите «Войти в конференцию», если вы хотите войти в конференцию без входа в систему.
- Войдите в учетную запись Zoom, а затем нажмите «Войти».
- Нажмите «Войти в конференцию», если вы хотите войти в конференцию без входа в систему.
- Введите идентификатор конференции и свое отображаемое имя.
- Если вы вошли в систему, измените свое имя, если вы не хотите, чтобы ваше имя по умолчанию было видно другим пользователям.
- Если вы не вошли в систему, введите отображаемое имя.
- Выберите, хотите ли вы использовать звук и/или видео, и нажмите
- Откройте клиент Zoom для ПК.
- Войдите в конференцию одним из следующих способов.
- Нажмите «Войти в конференцию», если вы хотите войти в конференцию без входа в систему.
- Войдите в учетную запись Zoom, а затем нажмите «Войти».
- Введите идентификатор конференции и ваше имя.
- Если вы вошли в систему, измените свое имя, если вы не хотите, чтобы ваше имя по умолчанию было видно другим пользователям.
- Если вы не вошли в систему, введите отображаемое имя.
- Выберите, хотите ли вы использовать звук и/или видео, и нажмите
- Откройте мобильное приложение Zoom. Если вы еще не загрузили мобильное приложение Zoom, загрузите его из магазина Google Play.
- Войдите в конференцию одним из следующих способов.
- Нажмите «Войти в конференцию», если вы хотите войти в конференцию без входа в систему.
- Войдите в учетную запись Zoom, а затем нажмите «Войти».
- Введите идентификатор конференции и свое отображаемое имя.
- Если вы вошли в систему, измените свое имя, если вы не хотите, чтобы ваше имя по умолчанию было видно другим пользователям.
- Если вы не вошли в систему, введите отображаемое имя.
- Выберите, хотите ли вы использовать звук и/или видео, и нажмите «Войти в конференцию».
- Откройте мобильное приложение Zoom. Если вы еще не загрузили мобильное приложение Zoom, загрузите его из App Store.
- Войдите в конференцию одним из следующих способов.
- Нажмите «Войти в конференцию», если вы хотите войти в конференцию без входа в систему.
- Войдите в учетную запись Zoom, а затем нажмите «Войти».
- Введите идентификатор конференции и свое отображаемое имя.
- Если вы вошли в систему, измените свое имя, если вы не хотите, чтобы ваше имя по умолчанию было видно другим пользователям.
- Если вы не вошли в систему, введите отображаемое имя.
- Выберите, хотите ли вы использовать звук и/или видео, и нажмите «Войти».
Нажмите ссылку для входа в тексте электронного письма или календарного приглашения.
В зависимости от браузера, используемого по умолчанию, может отобразиться запрос на открытие приложения Zoom.
Если вы находитесь в сети, и ваш клиент для ПК или мобильное приложение Zoom включено, другие пользователи могут отправить вам запрос на участие в конференции с использованием мгновенного сообщения. Вы получите уведомление о мгновенном сообщении с указанием вызывающего пользователя и рингтоном. Нажмите
- На телефоне наберите номер телеконференцсвязи, указанный в приглашении.
- После отображения запроса введите идентификатор конференции с помощью клавиатуры.
Примечание. Если вы уже вошли в конференцию с компьютера, вы можете ввести двухзначный идентификатор участника, назначенный для вашего компьютера. Если вы не вошли в конференцию с компьютера, просто нажмите «#» еще раз после отображения запроса, чтобы ввести идентификатор участника.
- Введите IP-адрес, указанный в приглашении на конференцию (требуется дополнение «Порт коннектора залов»).
- Введите идентификатор конференции на клавиатуре тонального набора (DTMF), после чего введите «#». Вы также можете использовать строки набора, например, 192.168.10.55##000111000, для прямого входа в конференцию. См. подробное описание в руководстве «Начало работы с коннектором залов в облаке».
Доллар США: внимание, не входите против тренда, а вот и вход
Многие трейдеры, желая зайти в рынок по лучшей цене, используют разные способы поиска точки входа, но единое мнение есть, и оно сводится к границе действующего тренда. Таким образом, зная местоположение границы актуального тренда в каждый момент времени, трейдер видит лучшую цену для торговли, как в продолжение данного тренда, так и на смене тенденции.
Представляю вашему вниманию границы актуальных трендов по основным котировкам на 4 августа 2021 г:
: 1,1870 — граница восходящего тренда
: 1,3920 – граница восходящего тренда
: 0,7395 — граница восходящего тренда
: 0,7045 — граница восходящего тренда
: 109,10 — граница нисходящего тренда
: 0,9045 — граница нисходящего тренда
: 1,2555 — граница нисходящего тренда
: 72,20 — граница восходящего (долгосрочного) тренда
: 87,00 — граница восходящего (долгосрочного) тренда
: 1811,00 — граница восходящего тренда
: 70,25 — граница нисходящего тренда
Данное видео посвящено демонстрации торгового плана по основным котировкам (EUR/USD, GBP/USD, AUD/USD, USD/JPY, USD/CHF, USD/CAD, EUR/RUB и USD/RUB) на ближайшие сутки
Предупреждение: Fusion Media would like to remind you that the data contained in this website is not necessarily real-time nor accurate. All CFDs (stocks, indexes, futures) and Forex prices are not provided by exchanges but rather by market makers, and so prices may not be accurate and may differ from the actual market price, meaning prices are indicative and not appropriate for trading purposes. Therefore Fusion Media doesn`t bear any responsibility for any trading losses you might incur as a result of using this data.Fusion Media or anyone involved with Fusion Media will not accept any liability for loss or damage as a result of reliance on the information including data, quotes, charts and buy/sell signals contained within this website. Please be fully informed regarding the risks and costs associated with trading the financial markets, it is one of the riskiest investment forms possible.
Информационно-образовательная среда (ИОС) — Саратовский государственный технический университет имени Гагарина Ю.А.
Рекомендации по использованию ИОС (для ОС Windows)
Внимание! Невозможен вход в ИОС без изменения первоначального пароля.
Работа в ИОС с компьютеров из внешних сетей
- Для изменения первоначального пароля с компьютеров, находящихся вне университета, необходимо выполнить действия, описанные в «Руководстве».
Ввод логина и пароля
Для корректной работы в ИОС с компьютера общего пользования или компьютера в административных структурах СГТУ, необходимо начинать работу в Windows с введения своего логина и пароля в виде:
- для преподавателей:
sstuedudom\ivanovii
Пароль - для студентов
sstuedudom\144118
Пароль - для административных структур
sstudepsdom\ivanovii
Пароль - для ИнПИТ
aptech\Иванов_ИИ
Пароль
Внимание! Пароль вводится с учетом регистра!
Ссылки для входа в ИОС СГТУ имени Гагарина Ю.А.
Для работы с ИОС рекомендуется использовать Windows Internet Explorer 9 или более поздние версии.
При необходимости внесения изменений в открытый из ИОС файл, необходимо сохранить этот файл под новым именем (Используя в MS Office опцию меню «Сохранить как»).
Ссылка для входа в ИОС Энгельсского технологического института
Информационно-образовательная среда Энгельсского технологического института (филиала) СГТУ имени Гагарина Ю.А. доступна по адресу http://techn.sstu.ru/new/Subject/SpisokPredmetow.aspxТехническая поддержка ИОС
Программист центра информационных технологий и дистанционного образования
Ребров Евгений Алексеевич1 корпус / 415 комната
99-85-86
Адаптер для подключения слива (вход 20/22мм. выход 50мм) ОРИО А-5150
Характеристики
Торговый дом «ВИМОС» осуществляет доставку строительных, отделочных материалов и хозяйственных товаров. Наш автопарк — это более 100 единиц транспортных стредств. На каждой базе разработана грамотная система логистики, которая позволяет доставить Ваш товар в оговоренные сроки. Наши специалисты смогут быстро и точно рассчитать стоимость доставки с учетом веса и габаритов груза, а также километража до места доставки.
Заказ доставки осуществляется через наш колл-центр по телефону: +7 (812) 666-66-55 или при заказе товара с доставкой через интернет-магазин. Расчет стоимости доставки производится согласно тарифной сетке, представленной ниже. Точная стоимость доставки определяется после согласования заказа с вашим менеджером.
Уважаемые покупатели! Правила возврата и обмена товаров, купленных через наш интернет-магазин регулируются Пользовательским соглашением и законодательством РФ.
ВНИМАНИЕ! Обмен и возврат товара надлежащего качества возможен только в случае, если указанный товар не был в употреблении, сохранены его товарный вид, потребительские свойства, пломбы, фабричные ярлыки, упаковка.
Доп. информация
Цена, описание, изображение (включая цвет) и инструкции к товару Адаптер для подключения слива (вход 20/22мм. выход 50мм) ОРИО А-5150 на сайте носят информационный характер и не являются публичной офертой, определенной п.2 ст. 437 Гражданского кодекса Российской федерации. Они могут быть изменены производителем без предварительного уведомления и могут отличаться от описаний на сайте производителя и реальных характеристик товара. Для получения подробной информации о характеристиках данного товара обращайтесь к сотрудникам нашего отдела продаж или в Российское представительство данного товара, а также, пожалуйста, внимательно проверяйте товар при покупке.
Купить Адаптер для подключения слива (вход 20/22мм. выход 50мм) ОРИО А-5150 в магазине Коммунар вы можете в интернет-магазине «ВИМОС».
Устранение проблем со входом в Windows
Способ сброса пароля зависит от того, используете вы для входа учетную запись Майкрософт или локальную учетную запись.
Чтобы узнать, какой у вас тип учетной записи, выберите Параметры входа на экране входа. Если отображается значок Учетная запись Майкрософт , вы используете учетную запись Майкрософт. Если отображается только значок Пароль , у вас или учетная запись домена (рабочая или учебная), или локальная учетная запись.
Если у вас учетная запись Майкрософт
-
На экране входа введите имя учетной записи Майкрософт, если оно не отображается. Если на компьютере используется несколько учетных записей, выберите учетную запись для сброса.
-
Выберите Забыли пароль под текстовым полем пароля.
-
На экране Восстановление учетной записи введите символы, показанные в поле под строкой Введите символы, которые вы видите, а затем нажмите кнопку Далее
-
На экране Подтвердите свою личность выберите получение кода безопасности по SMS или электронной почте. Если вы выбрали SMS, введите последние четыре цифры номера телефона и нажмите кнопку Отправить код. Подробнее о сведениях для защиты и кодах безопасности
-
Когда вы получите код по SMS или электронной почте на отдельном устройстве, введите его, а затем нажмите кнопку Далее.
-
На экране Сброс пароля введите новый пароль и нажмите кнопку Далее. При этом будет установлен новый пароль. Снова нажмите Далее, чтобы вернуться на экран входа в систему.
-
Войдите в учетную запись Майкрософт с использованием нового пароля.
Если у вас локальная учетная запись
Если вы используете Windows 10 версии 1803 и добавили контрольные вопросы для локальной учетной записи, чтобы упростить сброс пароля, выберите Сбросить пароль на экране входа. (Эта ссылка появляется после ввода неправильного пароля.) Затем введите ответы на секретные вопросы и выберите новый пароль.
Если же вы используете старую версию Windows 10 или еще не успели добавить секретные вопросы, необходимо вернуть устройство в исходное состояние.
Предупреждение: Если устройство работает под управлением Windows 10 версии 1803 и вы создали секретные вопросы, не существует способа восстановить забытый пароль локальной учетной записи. Единственная возможность — вернуть исходное состояние устройства. После описанных ниже действий все программы, данные и параметры будут удалены.
-
Выберите Выключение в правом нижнем углу экрана блокировки.
-
Удерживая клавишу Shift, выберите пункт Перезапуск.
-
В меню Параметры загрузки выберите Устранение неполадок > Вернуть компьютер в исходное состояние > Удалить все.
-
Компьютер перезагрузится и вернется в исходное состояние.
Если ни один из перечисленных выше способов не помог, получите дополнительные сведения о том, как Изменить или сбросить пароль для Windows.
Терминал A
Обслуживание всех рейсов (кроме проведения послеполётного досмотра отдельных рейсов) производится в основном терминале аэропорта — терминале A. Послеполётный досмотр производится в терминале D.
Войти в терминал можно через подземный уровень терминала (напрямую с подземной станции «Аэроэкспресса»), через зону прилёта с уровня земли (с наземного общественного транспорта, с многоэтажных паркингов) или через зону вылета на втором этаже (с автомобильной эстакады, въезд на которую бесплатный).
Обратите внимание, что парковка на эстакаде, ведущей к зоне вылета терминала А запрещена. Так как эстакада является городской улицей общего пользования города Москвы, на ней работают наряды ГИБДД, автомобили автоматической фиксации нарушений правил парковки и эвакуаторы городских служб, а также действуют штрафы в соответствии с Кодексом об административных правонарушениях города Москвы. Аэропорт Внуково не управляет процессом перемещения автомобилей на городские штрафстоянки и не получает средства от уплаты штрафов.
Выход из зоны вылета (второй уровень терминала А) на эстакаду закрыт в целях борьбы с нелегальной парковкой и для уменьшения заторов на подъезде к терминалу. Вы не сможете вернуться к своему автомобилю, если оставите его на эстакаде и войдёте в терминал. Для парковки автомобиля, пожалуйста, воспользуйтесь одной из стоянок аэропорта.
Для входа в терминал A с подземной станции «Аэроэкспресса» необходимо после стеклянных дверей станции повернуть направо. Однако в связи с большим наплывом пассажиров в часы «пик» на входе может образовываться очередь. В этом случае для экономии времени после стеклянных дверей лучше повернуть налево, ещё раз налево, выйти на улицу на привокзальную площадь и войти в терминал через первый этаж.
Регистрация пассажиров производится на втором этаже терминала и автоматически заканчивается за 40 минут до времени отправления рейса, указанного в билете (на рейсы авиакомпании Turkish airlines — за 45 минут). Время начала регистрации зависит от авиакомпании, но не позже, чем за два часа до отправления.
Пожалуйста, не опаздывайте на регистрацию! Сотрудники на стойках регистрации не имеют технической возможности вновь открыть регистрацию после её окончания.
Для экономии вашего времени мы рекомендуем проходить электронную регистрацию на сайте вашей авиакомпании, если она предоставляет такую услугу, или через терминалы самообслуживания в аэропорту (доступно для рейсов авиакомпаний «ЮТэйр», «Россия», Turkish Airlines). Также вы можете распечатать свой электронный посадочный талон на специальном принтере, расположенном справа от прохода на посадку на внутрироссийские линии.
Обращаем ваше внимание на то, что в соответствии с международными требованиями, звуковые объявления о начале и окончании регистрации не производятся, а объявления о начале и окончании посадки производятся только в посадочных галереях. Пожалуйста, уточняйте информацию о рейсах по табло в терминале или в онлайн-табло на нашем сайте.
На третьем этаже терминала расположены кафе, VIP-зал, бизнес-зал международных линий и офисы авиакомпаний.
Основные залы ожидания находятся в посадочных галереях внутрироссийских и международных линий после паспортного контроля. Для удобства пассажиров в терминале работает несколько бизнес-залов.
7. Ввод и вывод — документация Python 3.9.6
Есть несколько способов представить вывод программы; данные можно распечатать в удобочитаемой форме или записаны в файл для использования в будущем. В этой главе будет обсудите некоторые возможности.
7.1. Фантастическое форматирование вывода
До сих пор мы встречали два способа записи значений: операторов выражения и
функция print ()
. (Третий способ — использовать метод write ()
файловых объектов; стандартный выходной файл может называться sys.стандартный вывод
.
Для получения дополнительной информации см. Справочник по библиотеке.)
Часто требуется больше контроля над форматированием вывода, чем просто печать значений, разделенных пробелами. Форматировать вывод можно несколькими способами.
Чтобы использовать форматированные строковые литералы, начните строку с
f
илиF
перед открывающей кавычкой или тройной кавычкой. Внутри этой строки вы можете написать выражение Python между{
и}
символы, которые могут относиться к переменным или буквальным значениям.>>> год = 2016 >>> event = 'Референдум' >>> f'Результаты {года} {события} ' «Итоги референдума 2016 года»
Метод строк
str.format ()
требует большего количества ручного управления. усилие. Вы по-прежнему будете использовать{
и}
, чтобы отмечать, где переменная будут заменены и могут предоставить подробные директивы форматирования, но вам также потребуется предоставить информацию для форматирования.>>> yes_votes = 42_572_654 >>> no_votes = 43_132_495 >>> процент = yes_votes / (yes_votes + no_votes) >>> '{: -9} ДА голосов {: 2.2%} '. Формат (yes_votes, процент) '42572654 ДА голоса 49.67%'
Наконец, вы можете выполнять всю обработку строк самостоятельно, используя нарезку строк и операции конкатенации для создания любого макета, который вы можете себе представить. В строковый тип имеет несколько методов, которые выполняют полезные операции для заполнения строки с заданной шириной столбца.
Если вам не нужен навороченный вывод, а просто нужно быстро отобразить некоторые
переменные для целей отладки, вы можете преобразовать любое значение в строку с помощью
функции repr ()
или str ()
.
Функция str ()
предназначена для возврата представлений значений, которые
довольно удобочитаемо, в то время как repr ()
предназначен для генерации представлений
который может быть прочитан интерпретатором (или вызовет SyntaxError
, если
нет эквивалентного синтаксиса). Для объектов, не имеющих особого
представление для человеческого потребления, str ()
вернет то же значение, что и репр ()
. Многие значения, такие как числа или структуры, такие как списки и
словари имеют одинаковое представление с использованием любой функции.Струны, в
в частности, имеют два различных представления.
Некоторые примеры:
>>> s = 'Привет, мир.' >>> ул (а) 'Привет мир.' >>> представитель (ы) "'Привет мир.'" >>> str (1/7) '0,14285714285714285' >>> х = 10 * 3,25 >>> y = 200 * 200 >>> s = 'Значение x равно' + repr (x) + ', а y равно' + repr (y) + '...' >>> печать (и) Значение x равно 32,5, а y равно 40000 ... >>> # Функция repr () строки добавляет строковые кавычки и обратную косую черту: ... hello = 'привет, мир \ n' >>> привет = repr (привет) >>> печать (привет) 'привет, мир \ n' >>> # Аргументом repr () может быть любой объект Python: ... repr ((x, y, ('спам', 'яйца'))) "(32,5, 40000, ('спам', 'яйца'))"
Модуль string
содержит класс Template
, который предлагает
еще один способ подставить значения в строки, используя заполнители, такие как $ x
и заменяя их значениями из словаря, но предлагает гораздо меньше
контроль форматирования.
7.1.1. Форматированные строковые литералы
Форматированные строковые литералы (также называемые f-строками для
short) позволяют включать значение выражений Python внутри строки с помощью
добавляя к строке префикс f
или F
и записывая выражения как {выражение}
.
За выражением может следовать необязательный спецификатор формата. Это позволяет больше контроль над форматированием значения. В следующем примере число Пи округляется до три знака после запятой:
>>> импорт математики >>> print (f'Значение числа пи приблизительно равно {math.pi: .3f}. ') Значение пи составляет приблизительно 3,142.
Передача целого числа после ':'
приведет к тому, что это поле будет минимальным
количество символов в ширину. Это полезно для выравнивания столбцов.
>>> table = {'Sjoerd': 4127, 'Jack': 4098, 'Dcab': 7678} >>> для имени, телефона в table.items (): ... print (f '{name: 10} ==> {phone: 10d}') ... Шёрд ==> 4127 Джек ==> 4098 Dcab ==> 7678
Для преобразования значения перед форматированием можно использовать другие модификаторы. '! A'
применяет ascii ()
, '! S'
применяет str ()
и '! R'
применяется repr ()
:
>>> животные = 'угри' >>> print (f'Мое судно на воздушной подушке полно {животных}. ') Мое судно на воздушной подушке полно угрей. >>> print (f'Мое судно на воздушной подушке полно {животных! r}. ') Мое судно на воздушной подушке полно угрей'.
Для получения информации об этих спецификациях формата см. справочное руководство по мини-языку спецификации формата.
7.1.2. Метод String format ()
Базовое использование метода str.format ()
выглядит так:
>>> print ('Мы те {}, которые говорят "{}!". Format (' рыцари ',' Ни ')) Мы рыцари, которые говорят «Ни!»
Скобки и символы в них (называемые полями формата) заменяются на
объекты переданы в метод str.format ()
. Число в
скобки могут использоваться для обозначения позиции объекта, переданного в ул.format ()
метод.
>>> print ('{0} и {1}'. Формат ('спам', 'яйца')) спам и яйца >>> print ('{1} и {0}'. format ('спам', 'яйца')) яйца и спам
Если аргументы ключевого слова используются в методе str.format ()
, их значения
упоминаются с использованием имени аргумента.
>>> print ('Эта {еда} есть {прилагательное}.'. Format ( ... food = 'spam', прилагательное = 'абсолютно ужасно')) Этот спам просто ужасен.
Позиционные аргументы и аргументы ключевого слова можно произвольно комбинировать:
>>> print ('История {0}, {1} и {other}.'.format (' Билл ',' Манфред ', other = 'Георг')) История Билла, Манфреда и Георга.
Если у вас действительно длинная строка формата, которую вы не хотите разделять, она
было бы неплохо, если бы вы могли ссылаться на переменные для форматирования по имени
вместо должности. Это можно сделать, просто передав dict и используя
квадратные скобки '[]'
для доступа к клавишам.
>>> table = {'Sjoerd': 4127, 'Jack': 4098, 'Dcab': 8637678} >>> print ('Джек: {0 [Джек]: d}; Шорд: {0 [Шорд]: d};' ... 'Dcab: {0 [Dcab]: d}'. Формат (таблица)) Джек: 4098; Шорд: 4127; Dcab: 8637678
Это также можно сделать, передав таблицу в качестве аргументов ключевого слова с «**» обозначение.
>>> table = {'Sjoerd': 4127, 'Jack': 4098, 'Dcab': 8637678} >>> print ('Jack: {Jack: d}; Sjoerd: {Sjoerd: d}; Dcab: {Dcab: d}'. format (** таблица)) Джек: 4098; Шорд: 4127; Dcab: 8637678
Это особенно полезно в сочетании со встроенной функцией. vars ()
, который возвращает словарь, содержащий все локальные переменные.
В качестве примера следующие строки создают аккуратно выровненный набор столбцов с целыми числами и их квадратами и кубами:
>>> для x в диапазоне (1, 11): ... print ('{0: 2d} {1: 3d} {2: 4d}'. format (x, x * x, x * x * x)) ... 1 1 1 2 4 8 3 9 27 4 16 64 5 25 125 6 36 216 7 49 343 8 64 512 9 81 729 10 100 1000
Полный обзор форматирования строк с помощью str.format ()
см.
Синтаксис строки формата.
7.1.3. Ручное форматирование строки
Вот та же таблица квадратов и кубов, отформатированная вручную:
>>> для x в диапазоне (1, 11): ... print (repr (x) .rjust (2), repr (x * x) .rjust (3), end = '') ... # Обратите внимание на использование 'end' в предыдущей строке ... печать (repr (x * x * x) .rjust (4)) ... 1 1 1 2 4 8 3 9 27 4 16 64 5 25 125 6 36 216 7 49 343 8 64 512 9 81 729 10 100 1000
(обратите внимание, что один пробел между каждым столбцом был добавлен
способ print ()
работает: он всегда добавляет пробелы между своими аргументами.)
Метод str.rjust ()
строковых объектов выравнивает строку по правому краю в
поле заданной ширины, заполняя его пробелами слева. Есть
аналогичные методы str.ljust ()
и str.center ()
. Эти методы делают
ничего не пишут, они просто возвращают новую строку. Если входная строка слишком
long, они не усекают его, а возвращают без изменений; это испортит ваш
расположение столбцов, но обычно это лучше, чем альтернатива, которая была бы
ложь о стоимости.(Если вам действительно нужно усечение, вы всегда можете добавить
операция среза, как в x.ljust (n) [: n]
.)
Существует еще один метод, str.zfill ()
, который заполняет числовую строку на
осталось с нулями. Он разбирается в плюсах и минусах:
>>> '12'.zfill (5) "00012" >>> '-3.14'.zfill (7) '-003,14' >>> '3.14159265359'.zfill (5) "3.14159265359"
7.1.4. Старое форматирование строки
Оператор% (по модулю) также может использоваться для форматирования строк.Учитывая 'строку'
% значений
, экземпляры %
в строке
заменяются нулем или более
элементы значений
. Эта операция широко известна как строка
интерполяция. Например:
>>> импорт математики >>> print ('Значение пи примерно% 5.3f.'% math.pi) Значение пи составляет приблизительно 3,142.
Дополнительную информацию можно найти в разделе «Форматирование строк в стиле printf».
7.2. Чтение и запись файлов
open ()
возвращает файловый объект и чаще всего используется с
два аргумента: открыть (имя файла, режим)
.
>>> f = open ('рабочий файл', 'w')
Первый аргумент — это строка, содержащая имя файла. Второй аргумент
другая строка, содержащая несколько символов, описывающих способ, которым файл
будет использовано. режим может быть 'r'
, когда файл будет только читаться, 'w'
только для записи (существующий файл с таким же именем будет удален), и 'a'
открывает файл для добавления; любые данные, записанные в файл,
автоматически добавляется в конец. 'r +'
открывает файл как для чтения, так и для
пишу. Аргумент mode является необязательным; 'r'
будет принято, если это
опущено.
Обычно файлы открываются в текстовом режиме , то есть вы читаете и пишете
строки из файла и в файл, которые закодированы в определенной кодировке. Если
кодировка не указана, значение по умолчанию зависит от платформы (см. открытый ()
). 'b'
, добавленное к режиму, открывает файл в двоичный режим : теперь данные читаются и записываются в виде байтов
объекты.Этот режим следует использовать для всех файлов, не содержащих текста.
В текстовом режиме при чтении по умолчанию выполняется преобразование строки, зависящей от платформы.
окончания ( \ n
в Unix, \ r \ n
в Windows) до \ n
. При записи в
текстовый режим, по умолчанию вхождения \ n
обратно в
окончание строк, зависящее от платформы. Эта закулисная модификация
в файл данных подходит для текстовых файлов, но приведет к повреждению двоичных данных, подобных этому в файлов JPEG
или EXE
.Будьте очень осторожны при использовании двоичного режима, когда
чтение и запись таких файлов.
Рекомендуется использовать с ключевым словом
при работе с
с файловыми объектами. Преимущество в том, что файл правильно закрыт
после завершения его набора, даже если на каком-то
точка. Использование с
также намного короче, чем написание
эквивалент попробуйте
— наконец
блоков:
>>> с open ('рабочий файл') как f: ... read_data = f.read () >>> # Мы можем проверить, что файл был автоматически закрыт.>>> f.closed Истинный
Если вы не используете с ключевым словом
, вам следует позвонить f.close ()
, чтобы закрыть файл и немедленно освободить любую систему.
ресурсы, используемые им.
Предупреждение
Вызов f.write ()
без использования с ключевым словом
или вызова f.close ()
может привести к аргументам
of f.write ()
не полностью записывается на диск, даже если
программа успешно завершается.
После закрытия файлового объекта либо с оператором
или вызывая f.close ()
, попытки использовать файловый объект будут
автоматически терпит неудачу.
>>> f.close () >>> f.read () Отслеживание (последний вызов последний): Файл "", строка 1, в ValueError: операция ввода-вывода для закрытого файла.
7.2.1. Методы файловых объектов
В остальных примерах в этом разделе предполагается, что файловый объект с именем f
уже создан.
Чтобы прочитать содержимое файла, позвоните по номеру f.read (size)
, который читает некоторое количество
data и возвращает их в виде строки (в текстовом режиме) или байтового объекта (в двоичном режиме). размер — необязательный числовой аргумент. Если размер опущен или отрицателен,
будет прочитано и возвращено все содержимое файла; это ваша проблема, если
размер файла вдвое превышает объем памяти вашего компьютера. В противном случае не более размер символов (в текстовом режиме) или размером байт (в двоичном режиме) считываются и возвращаются.Если достигнут конец файла, f.read ()
вернет пустой
строка ( ''
).
>>> f.read () "Это весь файл. \ N" >>> f.read () ''
f.readline ()
читает одну строку из файла; символ новой строки ( \ n
)
остается в конце строки и опускается только в последней строке
file, если файл не заканчивается новой строкой. Это делает возвращаемое значение
однозначный; если f.readline ()
возвращает пустую строку, конец файла
был достигнут, а пустая строка представлена как '\ n'
, строка
содержащий только одну новую строку.
>>> f.readline () "Это первая строка файла. \ N" >>> f.readline () 'Вторая строка файла \ n' >>> f.readline () ''
Для чтения строк из файла вы можете перебрать объект файла. Это память эффективный, быстрый и простой код:
>>> для строки в f: ... печать (строка, конец = '') ... Это первая строка файла. Вторая строка файла
Если вы хотите прочитать все строки файла в списке, вы также можете использовать
Список (е)
или ф.Чтение линий ()
.
f.write (строка)
записывает содержимое строки в файл, возвращая
количество написанных символов.
>>> f.write ('Это тест \ n') 15
Остальные типы объектов необходимо преобразовать — либо в строку (в текстовом режиме) или байтовый объект (в двоичном режиме) — перед их записью:
>>> value = ('ответ', 42) >>> s = str (value) # преобразовать кортеж в строку >>> е.написать (а) 18
f.tell ()
возвращает целое число, указывающее текущую позицию файлового объекта в файле.
представлен как количество байтов от начала файла в двоичном режиме и
непрозрачный номер в текстовом режиме.
Чтобы изменить положение файлового объекта, используйте f.seek (смещение, откуда)
. Позиция вычисляется
от добавления смещения к опорной точке; точка отсчета выбирается , откуда аргумент. , откуда значение 0 отсчитывает от начала
файла, 1 использует текущую позицию файла, а 2 использует конец файла как
ориентир., откуда может быть опущено и по умолчанию равно 0, используя
начало файла в качестве ориентира.
>>> f = open ('рабочий файл', 'rb +') >>> f.write (b'0123456789abcdef ') 16 >>> f.seek (5) # Перейти к 6-му байту в файле 5 >>> f.read (1) b'5 ' >>> f.seek (-3, 2) # Перейти к 3-му байту до конца 13 >>> f.read (1) b'd '
В текстовых файлах (открытых без b
в строке режима) выполняется поиск только
относительно начала файла разрешены (исключение — поиск
до самого конца файла с seek (0, 2)
), и единственными допустимыми значениями смещения являются
те, что вернулись из ф.tell ()
или ноль. Любое другое значение смещения дает
неопределенное поведение.
Файловые объекты имеют некоторые дополнительные методы, такие как isatty ()
и truncate ()
, которые используются реже; консультируйтесь с библиотекой
Справочник для полного руководства по файловым объектам.
7.2.2. Сохранение структурированных данных с помощью
json
Строки можно легко записывать и читать из файла. Числа занимают немного больше
усилия, поскольку метод read ()
возвращает только строки, которые должны
передается в функцию типа int ()
, которая принимает строку типа '123'
и возвращает его числовое значение 123.Если вы хотите сохранить более сложные данные
типы, такие как вложенные списки и словари, парсинг и сериализация вручную
усложняется.
Вместо того, чтобы заставлять пользователей постоянно писать и отлаживать код для экономии
сложные типы данных в файлы, Python позволяет использовать популярные данные
формат обмена называется JSON (JavaScript Object Notation). Стандартный модуль под названием json
может принимать Python
иерархии данных и преобразовать их в строковые представления; этот процесс
позвонил сериализуя .Реконструкция данных из строкового представления
называется десериализацией . Между сериализацией и десериализацией
строка, представляющая объект, могла быть сохранена в файле или данных, или
отправлено через сетевое соединение на какую-то удаленную машину.
Примечание
Формат JSON обычно используется современными приложениями для обработки данных. обмен. Многие программисты уже знакомы с ним, что делает это хороший выбор для взаимодействия.
Если у вас есть объект размером x
, вы можете просмотреть его строковое представление JSON с
простая строка кода:
>>> импортировать json >>> x = [1, 'простой', 'список'] >>> json.свалки (x) '[1, «простой», «список»] »
Другой вариант функции dumps ()
, называемый dump ()
,
просто сериализует объект в текстовый файл. Итак, если f
— это
объект текстового файла, открытый для записи, мы можем сделать это:
Для повторного декодирования объекта, если f
— это объект текстового файла, имеющий
открыт для чтения:
Этот простой метод сериализации может обрабатывать списки и словари, но
сериализация произвольных экземпляров класса в JSON требует немного дополнительных усилий.Ссылка на модуль json
содержит объяснение этого.
См. Также
pickle
— модуль pickle
В отличие от JSON, pickle — это протокол, который позволяет сериализация произвольно сложных объектов Python. Таким образом, это специфичен для Python и не может использоваться для связи с приложениями написано на других языках. По умолчанию это тоже небезопасно: десериализация данных рассола, поступающих из ненадежного источника, может выполнить произвольный код, если данные были созданы опытным злоумышленником.{2} + 3h} {h} \ hfill & \ hfill \\ \ text {} = \ frac {h \ left (2a + h + 3 \ right)} {h} \ hfill & \ begin {cases} {cc } \ begin {case} {cc} & \ end {cases} & \ end {cases} \ text {Factor out} h. {2} + 2p [/ latex], решите относительно [латекс] h \ left (p \ right) = 3 [/ latex].{2} + 2p — 3 = 0 \ hfill & \ hfill & \ hfill & \ text {Вычтите 3 с каждой стороны}. \ Hfill \\ \ text {} \ left (p + 3 \ text {) (} p — 1 \ right) = 0 \ hfill & \ hfill & \ hfill & \ text {Factor}. \ Hfill \ end {case} [/ latex]
Если [латекс] \ left (p + 3 \ right) \ left (p — 1 \ right) = 0 [/ latex], либо [latex] \ left (p + 3 \ right) = 0 [/ latex] или [латекс] \ left (p — 1 \ right) = 0 [/ latex] (или оба они равны 0). Мы установим каждый коэффициент равным 0 и решим для каждого случая [латекс] p [/ латекс].
[латекс] \ begin {case} \ left (p + 3 \ right) = 0, \ hfill & p = -3 \ hfill \\ \ left (p — 1 \ right) = 0, \ hfill & p = 1 \ hfill \ end {case} [/ latex]
Это дает нам два решения.Вывод [латекс] h \ left (p \ right) = 3 [/ latex], когда на входе либо [latex] p = 1 [/ latex], либо [latex] p = -3 [/ latex].
Рисунок 5
Мы также можем проверить, построив график, как на рисунке 5. График проверяет, что [latex] h \ left (1 \ right) = h \ left (-3 \ right) = 3 [/ latex] и [latex] h \ left (4 \ справа) = 24 [/ латекс].
Попробовать 3
Учитывая функцию [латекс] g \ left (m \ right) = \ sqrt {m — 4} [/ latex], решите [латекс] g \ left (m \ right) = 2 [/ latex].
Решение
Вычисление функций, выраженных в формулах
Некоторые функции определяются математическими правилами или процедурами, выраженными в форме уравнения .Если возможно выразить выход функции с помощью формулы , включающей входную величину, то мы можем определить функцию в алгебраической форме. Например, уравнение [латекс] 2n + 6p = 12 [/ латекс] выражает функциональную взаимосвязь между [латексом] n [/ латексом] и [латексом] p [/ латексом]. Мы можем переписать его, чтобы решить, является ли [latex] p [/ latex] функцией [latex] n [/ latex].
Практическое руководство. Для данной функции в форме уравнения напишите ее алгебраическую формулу.
- Решите уравнение, чтобы изолировать выходную переменную с одной стороны от знака равенства с другой стороной как выражение, которое включает только входной переменной.
- Используйте все обычные алгебраические методы для решения уравнений, такие как сложение или вычитание одной и той же величины с обеих сторон или от них, или умножение или деление обеих частей уравнения на одну и ту же величину.
Пример 9: Нахождение уравнения функции
Выразите отношение [латекс] 2n + 6p = 12 [/ latex] как функцию [latex] p = f \ left (n \ right) [/ latex], если это возможно.
Решение
Чтобы выразить отношение в этой форме, нам нужно иметь возможность записать отношение, где [latex] p [/ latex] является функцией [latex] n [/ latex], что означает запись его как p = выражение, включающее n .
[латекс] \ begin {case} 2n + 6p = 12 \ hfill & \ hfill \\ 6p = 12 — 2n \ hfill & \ begin {cases} & & \ end {cases} \ text {Subtract} 2n \ text { с обеих сторон}. \ hfill \\ p = \ frac {12 — 2n} {6} \ hfill & \ begin {cases} & & \ end {cases} \ text {Разделите обе стороны на 6 и упростите}. \ hfill \\ p = \ frac {12} {6} — \ frac {2n} {6} \ hfill & \ hfill \\ p = 2- \ frac {1} {3} n \ hfill & \ hfill \ end {случаи } [/ латекс]
Следовательно, [латекс] p [/ latex] как функция [latex] n [/ latex] записывается как
[латекс] p = f \ left (n \ right) = 2- \ frac {1} {3} n [/ latex]
Анализ решения
Важно отметить, что не все отношения, выраженные уравнением, можно также выразить как функцию с формулой.{y} [/ latex], если мы хотим выразить [latex] y [/ latex] как функцию [latex] x [/ latex], не существует простой алгебраической формулы, включающей только [latex] x [/ latex] что равно [латекс] y [/ латекс]. Однако каждый [latex] x [/ latex] определяет уникальное значение для [latex] y [/ latex], и существуют математические процедуры, с помощью которых [latex] y [/ latex] может быть найден с любой желаемой точностью. В этом случае мы говорим, что уравнение дает неявное (подразумеваемое) правило для [latex] y [/ latex] как функции [latex] x [/ latex], даже если формулу нельзя записать явно.
Эксплойт— есть ли какие-либо проблемы безопасности при использовании строк Python F с вводом пользователем
F-строки Python на самом деле безопаснее. Используйте их!
Форматирование строки может быть опасным, если строка формата зависит от ненадежных данных. Таким образом, при использовании форматирования str.format ()
или %
важно использовать строки статического формата или очистить ненадежные части перед применением функции форматирования. Напротив, f-строк на самом деле не являются простыми строками, а больше похожи на синтаксический сахар для объединения строк и выражений.Таким образом, формат f-строки предопределен и в первую очередь не допускает динамических (потенциально ненадежных) частей.
Старое форматирование с
str.format ()
>>> data_str = 'bob'
>>> format_str = 'привет, {имя}!'
>>> format_str.format (имя = строка_данных)
«Привет, Боб!»
Здесь ваш интерпретатор Python не знает разницы между строкой данных и строкой формата. Он просто вызывает функцию, str.format ()
, который запускает алгоритм замены для значения строки формата в момент выполнения. Итак, как и следовало ожидать, формат представляет собой обычную строку с фигурными скобками в ней:
>>> импорт
>>> dis.dis ("'привет {имя}!'")
1 0 LOAD_CONST 0 ('привет, {имя}!')
2 RETURN_VALUE
Форматирование нового стиля с f-строками
>>> data_str = 'bob'
>>> Привет, {data_str}! '
«Привет, Боб!»
Вот, привет {data_str}! '
может выглядеть как строковая константа, но это не так.Интерпретатор анализирует часть между {...}
не как часть строки, которая может быть расширена позже, а как отдельное выражение:
>>> dis.dis ("f'hello {name}! '")
1 0 LOAD_CONST 0 ('привет')
2 LOAD_NAME 0 (имя)
4 FORMAT_VALUE 0
6 LOAD_CONST 1 ('!')
8 BUILD_STRING 3
10 RETURN_VALUE
Итак, вспомните "привет {sys.argv [1]} "
как (приблизительно) синтаксический сахар для " hi "+ sys.argv [1]
. Во время выполнения интерпретатор даже не знает или не заботится о том, что вы использовали f-строку. Он просто видит инструкции по построению строки из константы "привет"
и форматированного значения sys.argv [1]
.
Пример уязвимости
Вот пример веб-приложения, которое уязвимо использует str.format ()
:
с http.server import HTTPServer, BaseHTTPRequestHandler
секрет = 'abc123'
обработчик класса (BaseHTTPRequestHandler):
name = 'funtimes'
msg = 'добро пожаловать на {сайт.название}'
def do_GET (сам):
res = ('' + self.path + ' \ n' + self.msg) .format (site = self)
self.send_response (200)
self.send_header ('тип содержимого', 'текст / HTML')
self.end_headers ()
self.wfile.write (res.encode ())
HTTPServer (('локальный хост', 8888), Обработчик) .serve_forever ()
$ python3 example.py
$ curl 'http: // локальный: 8888 / тест'
/ test
добро пожаловать на развлечения
Атака
Когда создается строка res
, она использует self.путь
как часть строки формата. Поскольку self.path
управляется пользователем, мы можем использовать его для изменения строки формата и, например, эксфильтровать глобальную переменную секрет
:
$ curl -g 'http: // localhost: 8888 / XXX {site.do_GET .__ globals__ [secret]}'
/ XXXabc123
добро пожаловать на развлечения
Что такое ввод и вывод в математике?
Обновлено 17 ноября 2020 г.
Крис Дезил
В математике ввод и вывод — это термины, относящиеся к функциям.И вход, и выход функции являются переменными, что означает, что они изменяются. Вы можете выбрать входные переменные самостоятельно, но выходные переменные всегда определяются правилом, установленным функцией. Обычно входную переменную выражают буквой x, а выходную — f ( x ), что вы читаете как «f из x », но вы можете использовать любую букву или символ для обозначения входной переменной. и сама функция. Вы также увидите функции в виде одной переменной (часто y), равной выражению, включающему другую переменную (x).2
В таких случаях x — это вход, а y — выход.
Что такое функция?
Функция — это правило, которое связывает каждое входное значение с одним и только одним выходным значением. Математики часто сравнивают идею функции с монетоприемником. Монета — это ваш вход, и когда вы вставляете ее в автомат, на выходе получается сплющенный кусок металла с чем-то отштампованным на нем. Подобно тому, как машина может дать вам только один расплющенный кусок металла, функция может дать вам только один результат.Вы можете проверить математическое соотношение, чтобы увидеть, является ли оно функцией, введя различные значения и убедившись, что вы получаете только один результат для вывода. Если вы построите график функции, он может образовать прямую линию или кривую, а вертикальная линия, проведенная в любом месте координатной плоскости, будет пересекать ее только в одной точке.
Входные значения формируют домен функции
Математики называют набор всех входных значений для функции его доменом. Область является неотъемлемой частью функции.Во многих математических задачах он включает все действительные числа, но это не обязательно. Однако он должен включать все числа, для которых работает функция. Чтобы создать иллюстрацию из нематематического мира, представьте, что ваша функция — это машина, которая дает всем лысым людям полную шевелюру. В его владение будут входить все лысые, но не все люди. Таким же образом область для математической функции может не включать все числа. Например, домен для функции
f (x) = \ frac {1} {2 — x}
не включает число 2, потому что оно составляет знаменатель дроби 0, что является неопределенным результатом.
Выходные значения образуют диапазон
Диапазон функции включает все возможные выходные значения, поэтому он определяется областью, а также самой функцией. Например, предположим, что функция «удваивает входное значение», а домен — это действительные целые числа. Вы должны записать функцию математически как
f (x) = 2x
, а диапазон будет состоять из всех четных чисел. Если вы измените домен, чтобы включить дроби, диапазон изменится на все числа, потому что вы можете получить нечетное число, если удвоите дробь.
Сравнительные графики непрерывных входных сигналов (a) шаговый вход f (t) (b) …
Context 1
… получают цифровой сигнал запроса q [n], и мы хотим определить- Мне нужно знать, является ли это результатом получения функции единичного шага, f (t) = u (t — ts), с ϕ 2 (t), или это результат повторного приобретения. Наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 ( d) показывает повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t)….
Контекст 2
… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….
Context 3
… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….
Контекст 4
… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….
Контекст 5
… t k представляет местоположение выборок g [n], используемых в интерполяции. Из результатов восстановления на рисунке 3 (f), расстояния между дифференцированными DiracsˆfDiracsˆ Diracsˆf (2) (t) являются однородными, и период выборки T 1 может быть оценен как среднее значение расстояний. …
Snakefiles и Rules — документация Snakemake 6.6.1
Рабочий процесс Snakemake определяет анализ данных в терминах правил, указанных в Snakefile.Чаще всего правила состоят из имени, входных файлов, выходных файлов и команды оболочки для генерации выходных данных из входных данных:
ИМЯ правила: ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу» вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу» оболочка: "somecommand {input} {output}"
Имя не является обязательным и может быть опущено, создав анонимное правило. Его также можно переопределить, установив для правила атрибут
name.
Внутри команды оболочки можно получить доступ ко всем локальным и глобальным переменным, особенно к файлам ввода и вывода, через их имена в мини-языке формата python.Здесь ввод и вывод (и вообще любой список или кортеж) автоматически вычисляются как список файлов, разделенных пробелами (т.е. путь / к / путь к файлу ввода / к / другому / файлу ввода
).
Начиная с Snakemake 3.8.0, добавление специальной инструкции форматирования : q
(например, "somecommand {input: q} {output: q}")
) позволит Snakemake цитировать каждый элемент списка или кортежа, содержащий пробелы.
Вместо команды оболочки правило может запускать некоторый код Python для генерации вывода:
ИМЯ правила: ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу» вывод: «путь / к / выходному файлу», somename = «путь / к / другому / выходному файлу» запустить: для f на входе: ... с открытым (вывод [0], "w") как out: out.write (...) с open (output.somename, "w") как out: out.write (...)
Как видно, вместо доступа к вводу и выводу в целом мы также можем получить доступ по индексу ( output [0]
) или по ключевому слову ( output.somename
).
Обратите внимание, что при добавлении ключевых слов или имен для файлов ввода или вывода их порядок не сохраняется при доступе к ним в целом через, например, {output}
в команде оболочки.
Команды оболочки, подобные приведенным выше, также могут быть вызваны внутри правила на основе Python через функцию shell
, которая принимает строку с командой и допускает такое же форматирование, как в приведенном выше правиле, например:
("somecommand {output.somename}")
Кроме того, эта комбинация команд python и оболочки позволяет нам перебирать вывод команды оболочки, например:
для строки в оболочке ("somecommand {output.somename}", iterable = True): ...# делаем что-нибудь на python
Обратите внимание, что команды оболочки в Snakemake по умолчанию используют оболочку bash в строгом режиме.
Подстановочные знаки
Обычно полезно обобщить правило для применения к ряду, например, наборы данных. Для этого можно использовать подстановочные знаки. Автоматическое разрешение нескольких именованных подстановочных знаков является ключевой особенностью и сильной стороной Snakemake по сравнению с другими системами. Рассмотрим следующий пример.
правило complex_conversion: Вход: "{набор данных} / входной файл" выход: "{набор данных} / файл.{группа} .txt " оболочка: "somecommand --group {wildcards.group} <{input}> {output}"
Здесь мы определяем два подстановочных знака, набор данных
и группу
. Таким образом, правило может создавать все файлы, соответствующие шаблону регулярного выражения . + / File \ .. + \. Txt
, то есть символы подстановки заменяются регулярным выражением . +
. Если выходные данные правила соответствуют запрошенному файлу, подстроки, соответствующие подстановочным знакам, передаются во входные файлы и переменные подстановочные знаки, которые здесь также используются в команде оболочки.Доступ к объекту подстановочных знаков можно получить таким же образом, как ввод и вывод, который описан выше.
Например, если для другого правила в рабочем процессе требуется файл 101 / file.A.txt
, Snakemake распознает, что это правило может создать его, установив dataset = 101
и group = A
.
Таким образом, он запрашивает файл 101 / inputfile
в качестве входных данных и выполняет команду somecommand --group A <101 / inputfile> 101 / file.A.txt
.
Конечно, входной файл может быть сгенерирован другим правилом с другими подстановочными знаками.
Важно отметить, что имена подстановочных знаков на входе и выходе должны иметь одинаковые имена. Чаще всего один и тот же подстановочный знак присутствует как во вводе, так и на выходе, но, конечно, также возможно иметь подстановочные знаки только в выводе, но не во входной секции.
Использование нескольких подстановочных знаков в одном имени файла может вызвать двусмысленность.
Рассмотрим шаблон {набор данных}. {Группа} .txt
и предположим, что доступен файл 101.B.normal.txt
.
Неясно, соответствует ли набор данных = 101.B
и группа = нормальный
или набор данных = 101
и группа = B. нормальный
в этом случае.
Следовательно, подстановочные знаки могут быть ограничены заданными регулярными выражениями.
Здесь мы могли бы ограничить набор данных подстановочного знака , чтобы он состоял только из цифр, используя
\ d +
в качестве соответствующего регулярного выражения.
В Snakemake 3.8.0 есть три способа ограничить использование подстановочных знаков.
Во-первых, подстановочный знак можно ограничить в шаблоне файла, добавив регулярное выражение, разделенное запятой:
: "{набор данных, \ d +}.{группа} .txt "
Во-вторых, в правиле можно ограничить подстановочный знак с помощью ключевого слова wildcard_constraints
:
правило complex_conversion: Вход: "{набор данных} / входной файл" выход: "{набор данных} / файл. {группа} .txt" wildcard_constraints: набор данных = "\ d +" оболочка: "somecommand --group {wildcards.group} <{input}> {output}"
Наконец, вы также можете определить глобальные ограничения с использованием подстановочных знаков, которые применяются ко всем правилам:
wildcard_constraints: набор данных = "\ d +" Правило а: ... Правило б: ...
См. Документацию Python по регулярным выражениям для получения подробной информации о синтаксисе регулярных выражений.
Агрегация
Входные файлы могут быть списками Python, что позволяет легко агрегировать параметры или образцы:
Совокупность правил: Вход: ["{dataset} /a.txt" .format (dataset = dataset) для набора данных в DATASETS] выход: "aggregated.txt" оболочка: ...
Вышеупомянутое выражение можно упростить двумя способами.
Функция расширения
Совокупность правил: Вход: развернуть ("{набор данных} /a.txt", набор данных = НАБОРЫ ДАННЫХ) выход: "aggregated.txt" оболочка: ...
Обратите внимание, что набор данных НЕ является здесь подстановочным знаком, потому что он разрешен Snakemake из-за оператора expand
.
Функция expand
также позволяет комбинировать различные переменные, например
: Вход: expand ("{набор данных} / a. {ext}", набор данных = DATASETS, ext = FORMATS) выход: "в совокупности.текст" оболочка: ...
Если FORMATS = ["txt", "csv"]
содержит список желаемых выходных форматов, тогда expand автоматически объединит любой набор данных с любым из этих расширений.
Кроме того, первый аргумент также может быть списком строк. В этом случае преобразование применяется ко всем элементам списка. Например.
expand (["{набор данных} / a. {Ext}", "{dataset} / b. {Ext}"], набор данных = DATASETS, ext = FORMATS)
ведет к
["ds1 / a.txt »,« ds1 / b.txt »,« ds2 / a.txt »,« ds2 / b.txt »,« ds1 / a.csv »,« ds1 / b.csv »,« ds2 / a.csv » , "ds2 / b.csv"]
По умолчанию expand
использует функцию python itertools product
, которая выдает все комбинации предоставленных значений подстановочных знаков. Однако, вставив второй позиционный аргумент, его можно заменить любой комбинаторной функцией, например почтовый индекс
:
expand (["{набор данных} / a. {Ext}", "{dataset} / b. {Ext}"], zip, набор данных = DATASETS, ext = FORMATS)
ведет к
["ds1 / a.txt "," ds1 / b.txt "," ds2 / a.csv "," ds2 / b.csv "]
Вы также можете замаскировать выражение подстановочного знака в expand
, чтобы оно сохранялось, например
раскрыть ("{{dataset}} / a. {Ext}", ext = FORMATS)
создаст строки со всеми значениями для ext, но начиная с подстановочного знака "{dataset}"
.
Функция multiext
multiext
предоставляет упрощенный вариант expand
, который позволяет нам определять набор выходных или входных файлов, которые отличаются только своим расширением:
: Вход: ... выход: multiext ("some / plot", ".pdf", ".svg", ".png") оболочка: ...
Эффект такой же, как если бы вы написали expand ("some / plot. {Ext}", ext = [". Pdf", ".svg", ".png"])
, однако, используя более простой синтаксис.
Более того, определение вывода с помощью multiext
- единственный способ использовать между кэшированием рабочего процесса для правил с несколькими файлами вывода.
Цели и агрегация
По умолчанию snakemake выполняет первое правило в файле snakefile.Это приводит к появлению псевдоправил в начале файла, которые можно использовать для определения целей сборки, подобных GNU Make:
.правило все: ввод: ["{dataset} /file.A.txt" .format (dataset = dataset) для набора данных в DATASETS]
Здесь для каждого набора данных в списке Python DATASETS
, определенном ранее, запрашивается файл {dataset} /file.A.txt
. В этом примере Snakemake автоматически распознает, что они могут быть созданы несколькими приложениями правила complex_conversion
, показанного выше.
Нитки
Кроме того, правилу может быть задано количество используемых потоков, т.е.
ИМЯ правила: ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу» вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу» темы: 8 оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
Snakemake может изменять количество доступных ядер в зависимости от параметров командной строки. Поэтому полезно распространять его через встроенную переменную потоков
, а не жестко кодировать его в команде оболочки.В частности, следует отметить, что указанные потоки следует рассматривать как максимум. Когда Snakemake выполняется с меньшим количеством ядер, количество потоков будет скорректировано, то есть потоков = min (потоки, ядра)
, где ядер
- это количество ядер, указанное в командной строке (опция --cores
).
Жесткое кодирование определенного максимального количества потоков, как указано выше, полезно, когда определенный инструмент имеет естественный максимум, за пределами которого распараллеливание не поможет еще больше ускорить его.Это часто бывает, и его следует тщательно оценивать для производственных рабочих процессов.
Кроме того, установка потоков: максимум
требуется для достижения параллелизма в инструментах, которые (часто неявно и без ведома пользователя) полагаются на переменную среды для максимального количества используемых ядер.
Например, это относится ко многим библиотекам линейной алгебры и к OpenMP.
Snakemake ограничивает соответствующие переменные среды одним ядром по умолчанию, чтобы избежать неожиданного и неограниченного захвата ядра, но переопределит это с помощью потоков:
, которые вы укажете в правиле (параметры установлены на потоков:
или по умолчанию на 1
, являются: OMP_NUM_THREADS
, GOTO_NUM_THREADS
, OPENBLAS_NUM_THREADS
, MKL_NUM_THREADS
, VECLIB_MAXIMUM_THREADS
, 9000_THREADS
Если точно известно, что для инструмента не существует максимума эффективного параллелизма, можно вместо этого определить потоки как функцию количества ядер, предоставленных Snakemake:
ИМЯ правила: ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу» вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу» темы: workflow.cores * 0,75 оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
Количество заданных ядер доступно глобально в Snakefile как атрибут объекта рабочего процесса: workflow.ядра
.
Любая арифметическая операция может быть выполнена для получения из этого числа потоков. Например, в приведенном выше примере мы резервируем 75% указанных ядер для правила.
Snakemake всегда округляет вычисленное значение в меньшую сторону (при обеспечении как минимум 1 потока).
Начиная с версии 3.7, потоки также могут быть вызываемыми, которые возвращают значение int
. Сигнатура вызываемого объекта должна быть callable (подстановочные знаки [, ввод])
(ввод - необязательный параметр). Также можно ссылаться на предопределенную переменную (например,g, потоков: thread_max
), так что количество ядер для набора правил можно изменить одним изменением только путем изменения значения переменной threads_max
.
Ресурсы
В дополнение к потокам правило может использовать произвольные определяемые пользователем ресурсы, указав их с ключевым словом resources:
правило а: Вход: ... выход: ... Ресурсы: mem_mb = 100 оболочка: "..."
Если ограничения на ресурсы задаются через командную строку, e.г.
$ snakemake --resources mem_mb = 100
планировщик гарантирует, что указанные ресурсы не будут превышены при выполнении заданий.
Ресурсы всегда должны указываться как общее количество для каждого задания, а не для потока (т.е. выше mem_mb = 100
в правиле a
означает, что любое задание из правила a
потребует всего 100
мегабайт памяти, а не за поток).
В общем, ресурсы - это просто имена для планировщика Snakemake, то есть Snakemake не проверяет, превышает ли задание определенный ресурс.Однако ресурсы используются для определения того, какие задания могут выполняться одновременно, не превышая заданные ограничения в командной строке.
Если ограничения не указаны, ресурсы игнорируются при локальном выполнении.
При выполнении в кластере или в облаке ресурсы всегда передаются на бэкэнд, даже если --resources
не указано.
Помимо информирования Snakemake о гибридных вычислительных архитектурах (например, с ограниченным количеством дополнительных устройств, таких как графические процессоры), это позволяет нам управлять планированием различными способами, например.г. чтобы ограничить задания с интенсивным вводом-выводом, назначив им искусственный ресурс ввода-вывода и ограничив его с помощью флага --resources
.
Ресурсы должны иметь значения int
или str
. Обратите внимание, что вы можете выбирать любые имена для данных ресурсов.
Ресурсы также могут быть вызываемыми, которые возвращают значения int
или str
.
Подпись вызываемого объекта должна быть вызываемой (символы подстановки [, вход] [, потоки] [, попытка])
( входных
, потоков
и попыток
являются необязательными параметрами).
Параметр попытка
позволяет нам настраивать ресурсы в зависимости от того, как часто задание перезапускалось (см. Все параметры, параметр --restart-times
).
Это удобно при выполнении рабочего процесса Snakemake в кластерной среде, где задания могут, например, терпят неудачу из-за слишком ограниченных ресурсов.
Когда Snakemake запускается с --restart-times 3
, он 3 раза пытается перезапустить неудачное задание, прежде чем сдается.
Таким образом, параметр попытка
будет содержать номер текущей попытки (начиная с 1
).Это можно использовать для настройки требуемой памяти следующим образом
def get_mem_mb (подстановочные знаки, попытка): попытка возврата * 100 правило: Вход: ... выход: ... Ресурсы: mem_mb = get_mem_mb оболочка: "..."
Здесь для первой попытки потребуется 100 МБ памяти, для второй попытки потребуется 200 МБ памяти и так далее. При передаче требований к памяти механизму кластера вы можете автоматически опробовать более крупные узлы, если это окажется необходимым.
Другое применение вызываемых объектов в качестве ресурсов - когда использование памяти зависит от количества потоков:
def get_mem_mb (подстановочные знаки, потоки): возврат потоков * 150 Правило б: Вход: ... выход: ... темы: 8 Ресурсы: mem_mb = get_mem_mb оболочка: "..."
Здесь значение, возвращаемое функцией get_mem_mb
, растет линейно с количеством потоков.
Конечно, в этой функции можно выполнить любую другую арифметику.
И потоки, и ресурсы могут быть перезаписаны при вызове через –set-thread и –set-resources , см. User_manual-snakemake_options.
Стандартные ресурсы
Есть три стандартных ресурса , для общей памяти, использования диска и временного каталога задания: mem_mb
и disk_mb
и tmpdir
.
Ресурс tmpdir
автоматически приводит к установке переменной TMPDIR для команд оболочки, сценариев, оболочек и записных книжек.При определении ограничений памяти рекомендуется использовать mem_mb
, потому что некоторые режимы выполнения напрямую используют эту информацию (например, при использовании Kubernetes).
Поскольку было бы обременительно определять такие стандартные ресурсы для каждого правила, вы можете установить значения по умолчанию в
терминал или в профиле.
Это работает через флаг командной строки --default-resources
, см. snakemake --help
для получения дополнительной информации.
Если эти определения ресурсов являются обязательными для определенного режима выполнения, Snakemake выдаст подсказку, если они отсутствуют.Любые определения ресурсов внутри правила переопределяют то, что было определено с помощью --default-resources
.
Если --default-resources
не указано, Snakemake использует 'mem_mb = max (2 * input.size_mb, 1000)'
, 'disk_mb = max (2 * input.size_mb, 1000)'
и 'tmpdir = system_tmpdir'
.
Последний указывает на то, что используется операционной системой по умолчанию или указано в любой из переменных среды $ TMPDIR
, $ TEMP
или $ TMP
, как описано здесь.
Вытесняемые вакансии
Вы можете указать параметры preemptible-rules
и preemption-default
, чтобы запросить вытесняемую виртуальную машину Google Cloud для использования с Google Life Sciences Executor. Есть
несколько способов сделать это. В этом первом примере будут использоваться вытесняемые экземпляры для всех правил с 10 повторениями (перезапуски
экземпляра, если он неожиданно останавливается).
snakemake - преимущественное право 10
Если вы предпочитаете установить значение по умолчанию, но затем перезаписать некоторые правила пользовательским значением, здесь вы можете использовать --preemtible-rules
:
snakemake --preemption-default 10 --preemptible-rules map_reads = 3 call_variants = 0
В приведенном выше заявлении говорится, что мы хотим использовать вытесняемые экземпляры для всех шагов, по умолчанию 10 повторных попыток, но для шагов «map_reads» и «call_variants» мы хотим применить 3 и 0 повторных попыток соответственно.Финал вариант - не использовать вытесняемые экземпляры по умолчанию, а только для определенного правила:
snakemake --preemptible-rules map_reads = 10
Обратите внимание, что в настоящее время это реализовано для API Google Life Sciences.
Ресурсы графического процессора
API Google Life Sciences в настоящее время поддерживает
Графические процессоры NVIDIA, что означает, что вы можете явно запросить несколько графических процессоров NVIDIA, добавив nvidia_gpu
или gpu
к вашим ресурсам Snakefile для шага:
правило а: выход: "контрольная работа.текст" Ресурсы: nvidia_gpu = 1 оболочка: "некоторая команда ..."
Определенную модель графического процессора можно запросить с помощью gpu_model
и идентификаторов в нижнем регистре, таких как nvidia-tesla-p100
или nvidia-tesla-p4
, например: gpu_model = "nvidia-tesla-p100"
. Если вы не укажете gpu
или nvidia_gpu
со счетчиком, но укажете gpu_model
, по умолчанию будет установлено 1.
сообщений
При выполнении snakemake на консоль выводится краткая сводка по каждому действующему правилу.Это можно изменить, указав сообщение для правила:
ИМЯ правила: ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу» вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу» темы: 8 message: "Выполнение некоторой команды с потоками {thread} для следующих файлов {input}." оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
Обратите внимание, что доступ к групповым символам также возможен через переменную wildcards
(например, {wildcards.sample}
), что аналогично командам оболочки. Важно иметь пространство имен вокруг подстановочных знаков, чтобы избежать конфликтов с другими именами переменных.
Приоритеты
Snakemake допускает правила, определяющие числовые приоритеты:
Правило: Вход: ... выход: ... приоритет: 50 оболочка: ...
По умолчанию каждое правило имеет приоритет 0. Любое правило с более высоким приоритетом будет предпочтительнее для планировщика по сравнению со всеми правилами, которые готовы к выполнению одновременно, но не имеют как минимум того же приоритета.
Кроме того, флаг командной строки --prioritize
или -P
позволяет указать файлы (или правила), которые должны создаваться с наивысшим приоритетом во время выполнения рабочего процесса. Это означает, что планировщик назначит указанной цели и всем ее зависимостям наивысший приоритет, так что цель будет завершена как можно скорее.
Параметр --dry-run
(эквивалентно --dryrun
) или -n
позволяет просмотреть план планирования, включая назначенные приоритеты.
Файлы журнала
Каждое правило может указывать файл журнала, в который записывается информация о выполнении:
правило abc: ввод: "input.txt" вывод: "output.txt" журнал: "журналы / abc.log" оболочка: "somecommand --log {журнал} {ввод} {вывод}"
Файлы журнала можно использовать в качестве входных данных для других правил, как и любой другой выходной файл. Однако, в отличие от файлов вывода, файлы журналов не удаляются при ошибке. Очевидно, это необходимо для обнаружения причин ошибок, которые могут быть видны в файле журнала.
Переменная log
может использоваться внутри команды оболочки, чтобы указать используемому инструменту, в какой файл записывать информацию журнала.
В файле журнала должны использоваться те же символы подстановки, что и в выходных файлах, например
журнал: "журналы / abc. {Набор данных} .log"
Для программ, которые не имеют явного параметра log
, вы всегда можете использовать 2> {log}
для перенаправления стандартного вывода в файл (здесь, файл log
) в системах на базе Linux.
Обратите внимание, что также поддерживается указание нескольких (именованных) файлов журнала:
правило abc: ввод: "ввод.текст" вывод: "output.txt" журнал: log1 = "журналы / abc.log", log2 = "журналы / xyz.log" оболочка: "somecommand --log {log.log1} METRICS_FILE = {log.log2} {input} {output}"
Нефайловые параметры для правил
Иногда может потребоваться определить определенные параметры отдельно от тела правила. Snakemake предоставляет для этой цели ключевое слово params
:
: Вход: ... параметры: префикс = "somedir / {образец}" выход: "somedir / {образец}.csv " оболочка: "somecommand -o {params.prefix}"
Ключевое слово params
позволяет указать дополнительные параметры в зависимости от значений подстановочных знаков. Это позволяет обойти необходимость использования кода run:
и python для нестандартных команд, как в приведенном выше случае.
Здесь команда somecommand
ожидает префикс выходного файла вместо фактического. Ключевое слово params
здесь помогает, поскольку вы не можете просто добавить префикс в качестве выходного файла (поскольку файл не будет создан, Snakemake выдаст ошибку после выполнения правила).
Кроме того, для повышения удобочитаемости и ясности раздел params
также является отличным местом для именования и назначения параметров и переменных для вашей последующей команды.
Подобно input
, params
также могут принимать функции (см. Функции как входные файлы), например вы можете написать
: Вход: ... параметры: prefix = лямбда-символы, вывод: output [0] [: - 4] выход: "somedir / {образец} .csv" оболочка: "somecommand -o {params.префикс}"
, чтобы получить тот же эффект, что и выше. Обратите внимание, что в отличие от директивы input
,
Директива params
может опционально принимать больше аргументов, чем только подстановочных знаков
, а именно входных
, выходных
, потоков
и ресурсов
.
С точки зрения Python их можно рассматривать как необязательные аргументы ключевого слова без значения по умолчанию.
Их порядок не имеет значения, за исключением того факта, что подстановочных знаков
должен быть первым аргументом.В приведенном выше примере это позволяет получить имя префикса из выходного файла.
Внешние скрипты
Правило также может указывать на внешний скрипт вместо команды оболочки или встроенного кода Python, например
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу", "путь / к / другому / входному файлу" выход: "путь / к / выходному файлу", "путь / к / другому / выходному файлу" сценарий: "scripts / script.py"
Путь скрипта всегда относительно Snakefile, содержащего директиву (в отличие от путей входного и выходного файлов, которые относятся к рабочему каталогу).Рекомендуется поместить все сценарии в подпапку scripts
, как указано выше.
Внутри скрипта у вас есть доступ к объекту snakemake
, который предоставляет доступ к тем же объектам, которые доступны в директивах run
и shell
(ввод, вывод, параметры, подстановочные знаки, журнал, потоки, ресурсы, конфигурация) , например вы можете использовать snakemake.input [0]
для доступа к первому входному файлу вышеуказанного правила.
Помимо скриптов Python, этот механизм также позволяет интегрировать скрипты R и R Markdown со Snakemake, e.г.
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу", "путь / к / другому / входному файлу" выход: "путь / к / выходному файлу", "путь / к / другому / выходному файлу" сценарий: "scripts / script.R"
В сценарии R доступен объект S4 с именем snakemake
, аналогичный приведенному выше случаю Python, который позволяет получить доступ к входным и выходным файлам и другим параметрам. Здесь синтаксис соответствует синтаксису классов S4 с атрибутами, которые являются списками R, например мы можем получить доступ к первому входному файлу с snakemake @ input [[1]]
(обратите внимание, что у первого файла здесь нет индекса 0
, потому что R начинает отсчет с 1
).Доступ к именованным входным и выходным файлам можно получить таким же образом, просто указав имя вместо индекса, например snakemake @ input [["myfile"]]
.
В качестве альтернативы можно интегрировать скрипты Julia, например
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу", "путь / к / другому / входному файлу" выход: "путь / к / выходному файлу", "путь / к / другому / выходному файлу" сценарий: "путь / к / script.jl"
В сценарии Julia доступен объект snakemake
, доступ к которому можно получить аналогично случаю Python (см. Выше), с той лишь разницей, что вам нужно индексировать с 1 вместо 0.
По техническим причинам скрипты выполняются в .snakemake / scripts
. Исходный каталог сценариев доступен как scriptdir
в объекте snakemake
. Удобный метод snakemake @ source ()
действует как оболочка для нормальной функции R source ()
и может использоваться для исходных файлов относительно исходного каталога сценария.
Пример внешнего скрипта Python может выглядеть так:
def do_something (data_path, out_path, потоки, myparam): # код Python do_something (змейка.input [0], snakemake.output [0], snakemake.threads, snakemake.config ["myparam"])
Вы можете использовать отладчик Python из сценария, если вы вызываете Snakemake с --debug
.
Эквивалентный сценарий, написанный на R, будет выглядеть так:
do_something <- function (data_path, out_path, thread, myparam) { # R код } do_something (snakemake @ input [[1]], snakemake @ output [[1]], snakemake @ thread, snakemake @ config [["myparam"]])
Для отладки сценариев R вы можете сохранить рабочую область с save.image ()
и вызывают R после завершения работы Snakemake. Затем вы можете использовать обычные средства отладки R, имея доступ к переменной snakemake
.
Лучше всего вынести фактический код в отдельную функцию. Это увеличивает переносимость, если код должен вызываться вне Snakemake или из другого правила.
Файл R Markdown можно интегрировать так же, как сценарии R и Python, но можно использовать только один выходной файл (html):
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу", "путь / к / другому / входному файлу" выход: "путь / к / отчету.html ", сценарий: "путь / к / report.Rmd"
В файл R Markdown вы можете вставить вывод команды R и получить доступ к переменным, хранящимся в объекте S4 с именем snakemake
--- title: «Отчет об испытаниях» Автор: - "Ваше имя" date: "` формат r (Sys.time (), '% d% B,% Y') `" параметры: rmd: "report.Rmd" выход: html_document: изюминка: танго number_sections: нет тема: по умолчанию toc: да toc_depth: 3 toc_float: рухнул: нет smooth_scroll: да --- ## R Markdown Это документ R Markdown.Тест включает из snakemake `r snakemake @ input`. ## Источник R Markdown исходный файл (для создания этого документ)
Можно вставить ссылку на документ R Markdown с объектом snakemake. Поэтому переменную с именем rmd
необходимо добавить в раздел params
заголовка файла report.Rmd . Сгенерированный файл R Markdown с объектом snakemake будет сохранен в файле, указанном в этой переменной
rmd
.Этот файл можно встроить в HTML-документ с использованием кодировки base64 и вставить ссылку, как показано в примере выше.
Также таким образом могут быть встроены другие входные и выходные файлы для создания переносимого отчета. Обратите внимание, что указанный выше метод с URI данных работает только для небольших файлов. Экспериментальная технология для встраивания больших файлов использует объект Javascript Blob.
Интеграция с ноутбуком Jupyter
Вместо простых скриптов (см. Выше) можно интегрировать Jupyter Notebooks.Это позволяет интерактивно разрабатывать компоненты анализа данных (например, для построения графиков). Интеграция работает следующим образом (обратите внимание на использование записной книжки : вместо сценария : ):
Правилопривет: выход: "test.txt" бревно: # необязательный путь к обработанной записной книжке notebook = "журналы / записные книжки / processing_notebook.ipynb" ноутбук: "блокноты / hello.py.ipynb"
Перед суффиксом .ipynb
рекомендуется ставить перед суффиксом .py
или .r
, чтобы указать язык ноутбука.
В записной книжке доступен объект snakemake, к которому можно получить доступ так же, как и к интеграции со скриптом.
Другими словами, у вас есть доступ к входным файлам через snakemake.input
(в случае Python) и snakemake @ input
(в случае R) и т. Д.
При желании можно автоматически сохранять обработанный блокнот.
Этого можно добиться, добавив именованный файл журнала notebook = ...
в директиву log
.
Чтобы упростить кодирование блокнотов с помощью автоматически вставленного объекта snakemake
, Snakemake предоставляет интерактивный режим редактирования правил блокнотов.
Допустим, вы написали вышеупомянутое правило, но записной книжки еще не существует.
Запустив
snakemake - баллы 1 --edit-notebook test.txt
вы даете Snakemake указание разрешить интерактивное редактирование записной книжки, необходимое для создания файла test.txt
.
Snakemake будет запускать все зависимости правила записной книжки, так что все входные файлы присутствуют.Затем он запустит сервер записной книжки jupyter с пустым черновиком записной книжки, в котором вы можете интерактивно запрограммировать все необходимое для этого конкретного шага.
После этого вы должны сохранить записную книжку из веб-интерфейса jupyter, перейти на панель управления jupyter и нажать кнопку Quit
в правом верхнем углу, чтобы выключить сервер jupyter.
Snakemake обнаружит, что сервер закрыт, и автоматически сохранит созданный блокнот по пути, указанному в правиле (здесь hello.py.ipynb
).
Если записная книжка уже существует, описанную выше процедуру можно легко изменить.
Обратите внимание, что Snakemake требует локального выполнения для режима редактирования записной книжки.
В кластере или в облаке вы можете сгенерировать все зависимости правила записной книжки через
snakemake --cluster ... --jobs 100 --until test.txt
Тогда правило записной книжки может быть легко выполнено локально. Демонстрацию всего процесса интерактивного редактирования можно найти, нажав ниже:
Наконец, рекомендуется объединить директиву notebook
с директивой conda
(см. Интегрированное управление пакетами), чтобы определить используемый программный стек.По крайней мере, этот программный стек должен содержать jupyter и используемый язык (например, Python или R).
В приведенном выше случае это означает
привет: выход: "test.txt" conda: "envs / hello.yaml" ноутбук: "блокноты / hello.py.ipynb"
с
каналов: - конда-кузница зависимости: - python = 3.8 - jupyter = 1.0 - jupyterlab_code_formatter = 1.4
Последняя зависимость рекомендуется для включения автоформатирования ячеек записной книжки при редактировании.При использовании в записной книжке других языков, кроме Python, необходимо дополнительно добавить соответствующее ядро, например r-irkernel
для поддержки R.
Защищенные и временные файлы
Конкретный выходной файл может потребовать огромного количества вычислительного времени. Следовательно, можно захотеть защитить его от случайного удаления или перезаписи. Snakemake позволяет это сделать, пометив такой файл как protected
:
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу" выход: защищенный ("путь / к / выходному файлу") оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
Защищенный файл будет защищен от записи после выполнения правила, которое его создает.
Кроме того, выходной файл, помеченный как temp
, удаляется после выполнения всех правил, использующих его в качестве входных:
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу" выход: temp ("путь / к / выходному файлу") оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
Справочники как выходы
Иногда бывает удобно иметь каталоги, а не файлы, в качестве выходных данных правила. Начиная с версии 5.2.0, каталоги как выходы должны быть явно помечены каталогом
.Это в первую очередь из соображений безопасности; поскольку все выходные данные удаляются до выполнения задания, мы не хотим рисковать удалением важных каталогов, если пользователь допустит ошибку. Пометка вывода как , каталог
очищает намерение, и вывод может быть безопасно удален. Другая причина заключается в том, как работает время модификации каталогов. Время модификации каталога изменяется при добавлении, удалении или переименовании файла или подкаталога. Это может легко произойти непредвиденным образом, например, когда Apple macOS или MS Windows добавит .Файлы DS_Store
или thumbs.db
для хранения параметров отображения содержимого каталога. Когда используется флаг каталога , в выходном каталоге создается скрытый файл с именем
.snakemake_timestamp
, и время модификации этого файла используется при определении актуальности вывода правила или необходимости его повторного запуска. Всегда учитывайте, не можете ли вы сформулировать свой рабочий процесс, используя обычные файлы, прежде чем прибегать к использованию каталога ()
.
ИМЯ правила: Вход: "путь / к / входному файлу" выход: каталог ("путь / к / выходной каталог") оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
Игнорирование отметок времени
Для определения необходимости повторного создания выходных файлов Snakemake проверяет, является ли дата модификации файла (то есть временная метка) любого входного файла того же задания новее, чем временная метка выходного файла.
Это поведение можно изменить, пометив входной файл как древний
.Метка времени таких файлов игнорируется и всегда считается старше, чем любой из выходных файлов:
ИМЯ правила: Вход: древний ("путь / к / входному файлу") выход: "путь / к / выходному файлу" оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
Здесь это означает, что файл path / to / outputfile
не будет запускаться для повторного создания после того, как он был сгенерирован один раз, даже если входной файл будет изменен в будущем.
Обратите внимание, что любой флаг, который заставляет повторно создавать файлы, по-прежнему применяется к файлам, помеченным как древний
.
Теневые правила
Теневые правила приводят к тому, что каждое выполнение правила выполняется в изолированных временных каталогах. Этот «теневой» каталог содержит символические ссылки на файлы и каталоги в текущем рабочем каталоге. Это полезно для запуска программ, которые генерируют множество неиспользуемых файлов, которые вы не хотите вручную очищать в рабочем процессе snakemake. Это также может быть полезно, если вы хотите поддерживать чистоту своего рабочего каталога во время выполнения программы или упростить рабочий процесс, не беспокоясь об уникальных именах файлов для всех выходных данных всех правил.
При установке shadow: "shallow"
файлы и каталоги верхнего уровня связаны символическими ссылками, так что любые относительные пути в подкаталоге будут реальными путями в файловой системе. Параметр shadow: "full"
полностью затеняет всю структуру подкаталогов текущего рабочего каталога. Параметр shadow: «минимальный»
только символически связывает входные данные с правилом. После успешного выполнения правила выходной файл будет перемещен, если необходимо, на реальный путь, как указано output
.
Как правило, вам не нужно изменять правило для совместимости с shadow
, если только вы не ссылаетесь на родительские каталоги относительно рабочего каталога в правиле.
ИМЯ правила: ввод: "путь / к / входному файлу" вывод: "путь / к / выходному файлу" тень: "мелкая" оболочка: "somecommand --other_outputs other.txt {input} {output}"
Теневые каталоги хранятся по одному на выполнение правила в .snakemake / shadow /
и очищаются при успешном выполнении.Подумайте о том, чтобы время от времени запускать с аргументом --cleanup-shadow
, чтобы удалить все оставшиеся теневые каталоги из прерванных заданий. Базовый теневой каталог можно изменить с помощью аргумента командной строки --shadow-prefix
.
Файлы флагов
Иногда необходимо принудительно установить порядок выполнения правил без реальных файловых зависимостей. Этого можно добиться, «прикоснувшись» к пустым файлам, которые означают, что определенная задача была выполнена. Snakemake поддерживает это с помощью флага touch :
правило все: ввод: «mytask.сделано" правило mytask: вывод: touch ("mytask.done") оболочка: "mycommand ..."
С флагом touch
Snakemake касается (т. Е. Создает или обновляет) файл mytask.done
после успешного завершения mycommand
.
Свойства вакансии
При выполнении рабочего процесса в кластере с использованием параметра --cluster
(см. Ниже) Snakemake создает сценарий задания для каждого выполняемого задания.
Затем этот сценарий вызывается с помощью предоставленной команды отправки кластера (например,г. qsub
).
Иногда вы хотите предоставить настраиваемую оболочку для команды отправки кластера, которая определяет дополнительные параметры.
Поскольку это может быть основано на свойствах задания, Snakemake сохраняет свойства задания (например, имя правила, потоки, входные файлы, параметры и т. Д.) Как JSON внутри скрипта задания.
Для удобства существует функция синтаксического анализатора snakemake.utils.read_job_properties
, которая может использоваться для доступа к свойствам.
Ниже показан пример оболочки для отправки задания:
#! / Usr / bin / env python3 импорт ОС import sys из змеевика.утилиты импорт read_job_properties jobscript = sys.argv [1] job_properties = read_job_properties (сценарий вакансии) # делаем что-нибудь полезное с потоками thread = job_properties [потоки] # свойство доступа, определенное в файле конфигурации кластера (Snakemake> = 3.6.0) job_properties ["кластер"] ["время"] os.system ("qsub -t {потоки} {скрипт}". формат (потоки = потоки, скрипт = скрипт задания))
Функции как входные файлы
Вместо указания строк или списков строк в качестве входных файлов snakemake также может использовать функции, которые возвращают отдельные или списки входных файлов:
def myfunc (подстановочные знаки): возвращение [... список входных файлов в зависимости от заданных подстановочных знаков ...] правило: ввод: myfunc вывод: "someoutput. {somewildcard} .txt" оболочка: "..."
Функция должна принимать единственный аргумент, который будет объектом подстановочных знаков, сгенерированным в результате применения правила для создания некоторых запрошенных выходных файлов. Обратите внимание, что вы также можете использовать лямбда-выражения вместо полных определений функций. Таким образом, правила могут иметь совершенно разные входные файлы (как по форме, так и по количеству) в зависимости от предполагаемых подстановочных знаков.Например. вы можете назначать входные файлы, которые появляются в совершенно разных частях вашей файловой системы, на основе некоторого значения подстановочного знака и словаря, который сопоставляет значение подстановочного знака с путями к файлам.
Обратите внимание, что функция будет выполнена при оценке правила и до того, как рабочий процесс фактически начнет выполняться. Также обратите внимание, что использование функции в качестве входных данных отменяет стандартный механизм замены подстановочных знаков их значениями, полученными из выходных файлов. Вы должны сами позаботиться об этом с помощью данного объекта подстановочных знаков.
Наконец, при реализации функции ввода рекомендуется убедиться, что она может правильно обрабатывать все возможные значения подстановочных знаков, которые может иметь ваше правило. В частности, входные файлы не следует комбинировать с очень общими правилами, которые могут применяться для создания практически любого файла: Snakemake попытается применить правило и сообщит об исключениях вашей функции ввода как об ошибках.
Для практического примера см. Учебное пособие по Snakemake (Шаг 3: Функции ввода).
Функции ввода и
распаковка ()
В некоторых случаях вам может потребоваться, чтобы ваши функции ввода возвращали именованные файлы ввода.Это можно сделать, попросив их вернуть dict ()
объектов с именами в качестве ключей dict и именами файлов в качестве значений dict и используя ключевое слово unpack ()
.
def myfunc (подстановочные знаки): return {'foo': '{wildcards.token} .txt'.format (wildcards = wildcards) правило: ввод: распаковать (myfunc) вывод: "someoutput. {токен} .txt" оболочка: "..."
Обратите внимание, что unpack ()
необходимо только для функций ввода, возвращающих dict
.
Хотя это также работает для списка
, помните, что списки (и вложенные списки) строк автоматически сглаживаются.
Также обратите внимание, что если вы не передаете функцию в список ввода, а непосредственно вызываете функцию , то вам не следует использовать unpack ()
.
Здесь вы можете просто использовать оператор Python с двойной звездочкой ( **
) для распаковки параметров.
Обратите внимание, что поскольку Snakefiles транслируются в Python для выполнения, применяются те же правила, что и при использовании операторов Python для распаковки звездочек и двух звездочек.
Эти ограничения не применяются при использовании unpack ()
.
def myfunc1 (): return ['foo.txt'] def myfunc2 (): return {'foo': 'nowildcards.txt'} правило: Вход: * myfunc1 (), ** myfunc2 (), выход: "..." оболочка: "..."
Отслеживание версий
Правила могут указывать версию, которая отслеживается Snakemake вместе с выходными файлами. При изменении версии snakemake информирует вас об использовании флага --summary
или --list-version-changes
.
Версия может быть указана в директиве версии, которая принимает строку:
: Вход: ... выход: ... версия: "1.0" оболочка: ...
Версия, конечно, также может быть заполнена выводом команды оболочки, например:
SOMECOMMAND_VERSION = subprocess.check_output ("somecommand --version", оболочка = True) правило: версия: SOMECOMMAND_VERSION
В качестве альтернативы вы можете использовать время модификации файла в случае локальных скриптов:
SOMECOMMAND_VERSION = str (os.path.getmtime ("путь / к / somescript")) правило: версия: SOMECOMMAND_VERSION
Повторный запуск можно автоматизировать, вызвав Snakemake следующим образом:
$ snakemake -R `snakemake --list-version-changes`
При наличии директивы conda
(см. Интегрированное управление пакетами)
директива версии
устарела в пользу определения изолированного
программные среды, которые могут быть автоматически развернуты с помощью пакета conda
управляющий делами.
Отслеживание кода
Snakemake отслеживает код, который использовался для создания ваших файлов.
В сочетании с --summary
или --list-code-changes
это можно использовать, чтобы увидеть, какие файлы могут потребовать повторного запуска, поскольку реализация изменилась.
Повторный запуск можно автоматизировать, вызвав Snakemake следующим образом:
$ snakemake -R `snakemake --list-code-changes`
Обработчики при запуске, успешном завершении и ошибке
Иногда необходимо указать код, который должен выполняться после завершения выполнения рабочего процесса (например,г. очистка, или уведомление пользователя).
В Snakemake 3.2.1 это возможно через ключевые слова при успехе
и при ошибке
:
при успехе: print («Рабочий процесс завершен, ошибок нет») onerror: print («Произошла ошибка») shell ("mail -s" произошла ошибка "[email protected] <{log}")
Обработчик onsuccess
выполняется, если рабочий процесс завершился без ошибок. В противном случае выполняется обработчик onerror
.
В обоих обработчиках у вас есть доступ к переменной log
, которая содержит путь к файлу журнала с полным выводом Snakemake.Snakemake 3.6.0 добавляет обработчик onstart
, который будет выполнен перед запуском рабочего процесса.
Обратите внимание, что пробные прогоны не запускают ни один из обработчиков.
Зависимости правил
Начиная с версии 2.4.8, правила могут также относиться к выводам других правил в Snakefile, например:
правило а: ввод: "путь / к / вводу" вывод: "путь / к / выходу" оболочка: ... Правило б: ввод: rules.a.output вывод: «путь / к / выходу / из / b» оболочка: ...
Важно отметить, что ссылка на правило a
здесь требует, чтобы правило a
было определено выше правила b
в файле, поскольку объект уже должен быть известен.Эта функция также позволяет нам разрешать неоднозначные зависимости при использовании имен файлов.
Обратите внимание, что когда правило, на которое вы ссылаетесь, определяет несколько выходных файлов, но вы хотите, чтобы только часть из них использовалась в качестве входных данных для другого правила, вы должны назвать выходные файлы и ссылаться на них конкретно:
правило а: ввод: "путь / к / вводу" вывод: a = "путь / к / выходу", b = "путь / к / выходу2" оболочка: ... Правило б: ввод: rules.a.output.a вывод: «путь / к / выходу / из / b» оболочка: ...
Обработка неоднозначных правил
Когда два правила могут создавать один и тот же выходной файл, snakemake не может решить, какое из них использовать без дополнительных указаний. Следовательно, генерируется AmbiguousRuleException
.
Примечание: ruleorder не предназначен для приведения правил в правильном порядке выполнения (это исключительно руководствуется именами файлов ввода и вывода, которые вы используете), он только помогает snakemake решить, какое правило использовать, когда несколько из них могут создать один и тот же выходной файл. !
Чтобы справиться с такой двусмысленностью, предоставьте ruleorder
для конфликтующих правил, e.г.
порядок правил: правило1> правило2> правило3
Здесь rule1
предпочтительнее rule2
и rule3
, а rule2
предпочтительнее rule3
.
Только если правила rule1 и rule2 не могут быть применены (например, из-за отсутствия входных файлов), rule3 используется для создания желаемого выходного файла.
В качестве альтернативы, зависимости правил (см. Выше) также могут разрешать неоднозначности.
Другая (быстрая и грязная) возможность - указать snakemake разрешить двусмысленность с помощью параметра командной строки
$ snakemake - разрешить-неоднозначность
, так что аналогично GNU Make всегда используется первое правило сопоставления.Здесь на терминале отображается предупреждение, которое обобщает решение о создании змейки.
Местные правила
При работе в кластерной среде не все правила должны стать заданием, которое необходимо отправить (например, загрузка какого-либо файла или целевое правило, такое как все , см. Цели и агрегирование). Ключевое слово localrules позволяет пометить правило как локальное, чтобы оно не отправлялось в кластер, а вместо этого выполнялось на узле хоста:
localrules: all, foo править всем: Вход: ... Правило foo: ... панель правил: ...
Здесь только задания из правила bar
будут отправлены в кластер, тогда как all и foo будут выполняться локально.
Обратите внимание, что вы можете использовать директиву localrules несколько раз . Результатом будет объединение всех объявлений.
Правила теста
Начиная с версии 3.1 Snakemake обеспечивает поддержку тестирования времени выполнения правил. Это можно использовать для создания сложных конвейеров анализа производительности.С помощью ключевого слова benchmark можно объявить правило для хранения контрольного показателя своего кода в указанном месте. Например. правило
правило benchmark_command: Вход: "путь / к / input. {sample} .txt" выход: "путь / к / выходу. {образец} .txt" ориентир: "benchmarks / somecommand / {sample} .tsv" оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
проверяет время процессора и настенных часов команды somecommand
для заданных выходных и входных файлов.Для этого оболочка или тело выполнения правила выполняется для этих данных, и все времена выполнения сохраняются в заданном tsv-файле эталонного теста (который будет содержать разделенную табуляцией таблицу времени выполнения и использования памяти в MiB).
По умолчанию Snakemake выполняет задание один раз, генерируя одно время выполнения.
Однако файл эталонного теста может быть аннотирован желаемым количеством повторов, например,
правило benchmark_command: Вход: "путь / к / input. {sample} .txt" выход: "путь / к / выходу. {образец}.текст" ориентир: repeat ("benchmarks / somecommand / {sample} .tsv", 3) оболочка: "somecommand {вход} {выход}"
проинструктирует Snakemake трижды запустить каждое задание этого правила и сохранить все измерения в файле эталонного теста. Полученный файл tsv можно использовать в качестве входных данных для других правил, как и любой другой выходной файл.
Определение процессов разброса-сбора
С помощью мощных и произвольных возможностей агрегирования на базе Python Snakemake (с помощью функции expand
и произвольного кода Python, см. Здесь), хорошо поддерживаются рабочие процессы с разбросом-сборкой.Тем не менее, иногда может быть удобно использовать специальную поддержку Snakemake для сбора разброса, которая позволяет избежать шаблонов и предлагает дополнительные параметры конфигурации.
Процессы разброса-сбора могут быть определены с помощью глобальной директивы scattergather
:
Таким образом, каждый процесс определяет имя (здесь, например, split
) и количество элементов разброса по умолчанию.
Затем можно реализовать рассеяние и сбор с помощью глобально доступных scatter
и gather
объектов:
правило все: Вход: "собрал / все.текст" разделение правил: выход: scatter.split ("разделенный / {scatteritem} .txt") оболочка: "сенсорный {вывод}" промежуточное правило: Вход: "splitted / {scatteritem} .txt" выход: "разделенный / {scatteritem} .post.txt" оболочка: "cp {input} {output}" Правило собирать: Вход: gather.split ("разделенный / {scatteritem} .post.txt") выход: "собрал / all.txt" оболочка: "кот {вход}> {выход}"
Таким образом, scatter.split ("split / {scatteritem}.txt ")
дает список путей " split / 1-of-n.txt "
, " splitted / 2-of-n.txt "
,…, в зависимости от количества n
определенных элементов разброса .
Аналогично, gather.split ("split / {scatteritem} .post.txt")
дает список путей "split / 0.post.txt"
, "splitted / 1.pos.txt"
, …, Которые запрашивают применение правила промежуточный
к каждому элементу разброса.
Число элементов разброса по умолчанию может быть перезаписано через интерфейс командной строки.Например
snakemake --set-scatter split = 2
установит количество элементов разброса для процесса разделения, определенного выше, равным 2 вместо 8. Это позволяет адаптировать распараллеливание в соответствии с потребностями базовой вычислительной платформы и анализа.
Определение групп для исполнения
Начиная с Snakemake 5.0, можно назначать правила группам. Такие группы будут выполняться вместе в кластере или в облачном режиме , как так называемое групповое задание , т.е.е., все задания определенной группы будут отправлены сразу на один и тот же вычислительный узел. При локальном выполнении определения групп игнорируются.
Группы могут быть определены с помощью ключевого слова group
.
Таким образом можно сэкономить время ожидания и выполнения, в частности, если задействовано одно или несколько краткосрочных правил.
образцов = [1,2,3,4,5] править всем: Вход: "протестировать" Правило а: выход: "a / {sample} .out" группа: "mygroup" оболочка: "сенсорный {вывод}" Правило б: Вход: "образец}.вне" выход: "b / {sample} .out" группа: "mygroup" оболочка: "сенсорный {вывод}" Правило c: Вход: expand ("b / {sample} .out", sample = samples) выход: "протестировать" оболочка: "сенсорный {вывод}"
Здесь задания из правила a
и b
попадают в одну группу mygroup
, тогда как задания из правила c
выполняются отдельно.
Обратите внимание, что Snakemake всегда определяет подключенный подграф с тем же идентификатором группы как групповое задание .Здесь это означает, что, например, рабочие места, создающие a / 1. из
и b / 1. из
, будут в одной группе, а рабочие места, создающие a / 2. из
и b / 2. out.
будет в отдельной группе.
Однако, если мы добавим группу : "mygroup"
к правилу c
, все задания окажутся в одной группе, включая одну, порожденную правилом c
, потому что c
соединяет все остальные задания.
В качестве альтернативы группы можно определять через интерфейс командной строки.Это позволяет почти произвольно разбивать DAG, например Чтобы обезопасить сетевой трафик, см. здесь.
Трубный выход
Начиная со Snakemake 5.0, можно помечать выходные файлы как каналы с помощью флага pipe
, например:
правило все: Вход: expand ("test. {i} .out", i = range (2)) Правило а: выход: труба ("test. {i} .txt") оболочка: "for i in {{0..2}}; do echo {wildcards.i} >> {output}; done" Правило б: Вход: "контрольная работа.{i} .txt " выход: "test. {i} .out" оболочка: "grep {wildcards.i} <{ввод}> {вывод}"
Если выходной файл помечен как канал, то Snakemake сначала создаст именованный канал с заданным именем, а затем выполнит задание создания одновременно с заданием потребления внутри группового задания (см. Выше). Это работает во всех режимах выполнения, локальном, кластерном и облачном. Естественно, у трубного выхода может быть только один потребитель. Можно комбинировать явное определение группы, как указано выше, с выходами конвейера.Таким образом, конвейерные задания могут находиться внутри или (автоматически) расширять существующие группы. Однако два задания, соединенные конвейером, могут не существовать в конфликтующих группах.
Параметр освоения космоса
Базовая функциональность Snakemake уже предоставляет все необходимое для обработки пространств параметров любым способом (подпространство для определенных правил и даже в зависимости от значений подстановочных знаков, возможность читать или генерировать пробелы на лету или из файлов через pandas и т. Д.). Однако обычно требуется некоторый шаблонный код для преобразования пространства параметров в шаблоны с подстановочными знаками и преобразования его обратно в конкретные параметры для сценариев и команд.Начиная с Snakemake 5.31 (вдохновленный JUDI), это решается с помощью помощника Paramspace, который можно использовать следующим образом:
из snakemake.utils import Paramspace импортировать панд как pd # объявляем фрейм данных параметром paramspace = Paramspace (pd.read_csv ("params.tsv", sep = "\ t")) править всем: Вход: # Агрегировать по всему пространству параметров (или его подмножеству, если необходимо) # конечно, что-то подобное может произойти где угодно в рабочем процессе (не # только в конце).развернуть ("результаты / графики / {params} .pdf", params = paramspace.instance_patterns) Правило имитировать: выход: # отформатируйте подстановочный знак, например "alpha ~ {alpha} / beta ~ {beta} / gamma ~ {gamma}" # в путь к файлу, где альфа, бета, гамма - столбцы фрейма данных f "результаты / моделирование / {paramspace.wildcard_pattern} .tsv" параметры: # автоматически переводим значения подстановочных знаков в экземпляр пространства параметров # в виде dict (здесь: {"alpha": ..., "beta": ..., "gamma": ...}) имитация = paramspace.instance сценарий: "scripts / simulate.py" сюжет правила: Вход: f "результаты / моделирование / {paramspace.wildcard_pattern} .tsv" выход: f "результаты / участки / {paramspace.wildcard_pattern} .pdf" оболочка: "сенсорный {вывод}"
В приведенном выше примере, , обратите внимание на форматирование строки Python f
( f
перед начальными кавычками), примененное к строкам входного и выходного файлов, которые содержат paramspace.Подснежник
.
Это означает, что файл, зарегистрированный Snakemake как входной или выходной файл, не содержит подстановочный знак {paramspace.wildcard_pattern}
, но вместо этого этот элемент заменяется шаблоном из нескольких подстановочных знаков, полученным из столбцов фрейма данных пространства параметров.
Это выполняется форматированием строки Python f
до того, как строка будет зарегистрирована в правиле.
Учитывая, что params.tsv содержит:
альфа бета гамма 1.0 0.1 0,99 2,0 0,0 3,9
Этот рабочий процесс будет работать следующим образом:
[Пт 27 ноя, 20:57:27 2020] Правило имитировать: вывод: результаты / моделирование / альфа ~ 2,0 / бета ~ 0,0 / гамма ~ 3.9.tsv jobid: 4 подстановочные знаки: альфа = 2,0, бета = 0,0, гамма = 3,9 [Пт 27 ноя, 20:57:27 2020] Правило имитировать: вывод: результаты / моделирование / альфа ~ 1.0 / бета ~ 0.1 / гамма ~ 0.99.tsv jobid: 2 подстановочные знаки: альфа = 1,0, бета = 0,1, гамма = 0,99 [Пт 27 ноя, 20:57:27 2020] сюжет правила: ввод: результаты / моделирование / альфа ~ 2.0 / бета ~ 0,0 / гамма ~ 3.9.tsv вывод: results / plots / alpha ~ 2.0 / beta ~ 0.0 / gamma ~ 3.9.pdf jobid: 3 подстановочные знаки: альфа = 2,0, бета = 0,0, гамма = 3,9 [Пт 27 ноя, 20:57:27 2020] сюжет правила: ввод: результаты / моделирование / альфа ~ 1.0 / бета ~ 0.1 / гамма ~ 0.99.tsv вывод: results / plots / alpha ~ 1.0 / beta ~ 0.1 / gamma ~ 0.99.pdf jobid: 1 подстановочные знаки: альфа = 1,0, бета = 0,1, гамма = 0,99 [Пт 27 ноя, 20:57:27 2020] localrule все: ввод: results / plots / alpha ~ 1.0 / beta ~ 0.1 / gamma ~ 0.99.pdf, results / plots / alpha ~ 2.0 / beta ~ 0.0 / гамма ~ 3.9.pdf jobid: 0
Естественно, можно создавать подпространства из объектов Paramspace
, просто применяя все обычные методы и атрибуты, которые предоставляют кадры данных Pandas (например, .loc [...]
, .filter ()
и т. Д. .).
Кроме того, формой созданного wildcard_pattern
можно управлять с помощью дополнительных аргументов конструктора Paramspace
(см. Дополнительные утилиты).
Условное исполнение, зависящее от данных
Из Змейки 5.4, возможна условная переоценка DAG заданий на основе выходных данных контента. Ключевой идеей является то, что правила могут быть объявлены как контрольные точки, например,
КППнесколько шагов: Вход: "образцы / {образец} .txt" выход: "somestep / {образец} .txt" оболочка: "somecommand {input}> {output}"
Snakemake позволяет повторно оценивать DAG после успешного выполнения каждого задания, порожденного контрольной точкой.
Для этого каждая контрольная точка регистрируется по своему имени в глобально доступном объекте контрольных точек
.К объекту контрольных точек
можно получить доступ с помощью функций ввода.
Предполагая, что контрольная точка называется somestep
, как указано выше, выходные файлы для конкретного задания могут быть получены с помощью
checkpoints.somestep.get (sample = "a"). Output
Таким образом, метод get
выдает snakemake.exceptions.IncompleteCheckpointException
, если контрольная точка еще не была выполнена для этих конкретных значений подстановочных знаков.
Внутри функции ввода исключение будет автоматически обработано Snakemake и приведет к повторной оценке после успешного прохождения контрольной точки.
Чтобы проиллюстрировать возможности этого механизма, рассмотрим следующий полный пример:
# целевое правило для определения желаемого конечного результата править всем: Вход: "агрегированный / a.txt", "агрегированный / b.txt" # контрольная точка, которая должна запускать повторную оценку DAG контрольно-пропускной пункт somestep: Вход: "образцы / {образец} .txt" выход: "somestep / {образец} .txt" оболочка: # имитировать какое-то выходное значение "echo {wildcards.sample}> somestep / {wildcards.образец} .txt " # промежуточное правило промежуточное правило: Вход: "somestep / {образец} .txt" выход: "сообщение / {образец} .txt" оболочка: "сенсорный {вывод}" # альтернативное промежуточное правило правило alt_intermediate: Вход: "somestep / {образец} .txt" выход: "alt / {образец} .txt" оболочка: "сенсорный {вывод}" # функция ввода для агрегата правил def aggregate_input (подстановочные знаки): # решение на основе содержимого выходного файла # Важно: используйте метод open () возвращенного файла! # Таким образом, Snakemake может автоматически загружать файл, если он сгенерирован в # облачная среда без общей файловой системы.с checkpoints.somestep.get (sample = wildcards.sample) .output [0] .open () как f: если f.read (). strip () == "a": вернуть "post / {sample} .txt" еще: вернуть "alt / {sample} .txt" совокупность правил: Вход: aggregate_input выход: "агрегированный / {образец} .txt" оболочка: "сенсорный {вывод}"
Как видно, агрегат правил использует функцию ввода.
Внутри функции мы сначала получаем выходные файлы контрольной точки somestep
с подстановочными знаками, передавая значение образца подстановочного знака.После выполнения, если контрольная точка еще не завершена, Snakemake запишет somestep
как прямую зависимость от агрегата правила .
После завершения
somestep
для данного образца функция ввода будет автоматически повторно оценена, и метод get
больше не будет возвращать исключение.
Вместо этого будет открыт выходной файл, и в зависимости от его содержимого функция ввода вернет "post / {sample} .txt"
или "alt / {sample} .txt"
.Таким образом, группа доступности базы данных зависит от некоторых произведенных данных.
Также можно использовать контрольные точки для случаев, когда выходные файлы неизвестны перед выполнением. Типичный пример - процесс кластеризации с неизвестным количеством кластеров, где каждый кластер должен быть сохранен в отдельный файл. Рассмотрим следующий пример:
# целевое правило для определения желаемого конечного результата править всем: Вход: "агрегированный / a.txt", "агрегированный / b.txt" # контрольная точка, которая должна запускать повторную оценку DAG кластеризация контрольных точек: Вход: "образцы / {образец}.текст" выход: кластеры = каталог ("кластеризация / {образец}") оболочка: "mkdir clustering / {wildcards.sample};" "for i in 1 2 3; do echo $ i> clustering / {wildcards.sample} / $ i.txt; done" # промежуточное правило промежуточное правило: Вход: "кластеризация / {образец} / {i} .txt" выход: "post / {sample} / {i} .txt" оболочка: "cp {input} {output}" def aggregate_input (подстановочные знаки): checkpoint_output = checkpoints.clustering.get (** подстановочные знаки) .output [0] return expand ("post / {sample} / {i}.текст", sample = wildcards.sample, i = glob_wildcards (os.path.join (checkpoint_output, "{i} .txt")). i) # агрегация по всем созданным кластерам совокупность правил: Вход: aggregate_input выход: "агрегированный / {образец} .txt" оболочка: "кот {вход}> {выход}"
Здесь наша контрольная точка имитирует кластеризацию.
Мы делаем вид, что количество кластеров заранее неизвестно.
Следовательно, контрольная точка определяет только выходной каталог
.
Агрегат правила снова использует объект
контрольных точек для получения выходных данных контрольной точки.На этот раз вместо того, чтобы явно писать
контрольных точек.clustering.get (sample = wildcards.sample) .output [0]
мы используем сокращение
checkpoints.clustering.get (** wildcards) .output [0]
, который автоматически распаковывает подстановочные знаки как аргументы ключевого слова (это стандартная распаковка аргументов python).
Если контрольная точка еще не была выполнена, доступ к checkpoints.clustering.get (** wildcards)
гарантирует, что Snakemake записывает контрольную точку как прямую зависимость от правила aggregate
.По завершении контрольной точки функция ввода повторно оценивается, и выполняется код за пределами ее первой строки.
Здесь мы получаем значения подстановочного знака i
на основе всех файлов с именем {i} .txt
в выходном каталоге контрольной точки.
Эти значения затем используются для расширения шаблона "post / {sample} / {i} .txt"
, так что промежуточное правило правила выполняется для каждого из определенных кластеров.
Правило наследования
Со змеиным созданием 6.0 и более поздних версий можно наследовать от ранее определенных правил или, другими словами, повторно использовать существующее правило измененным способом.
Это работает с помощью оператора use rule
, который также позволяет объявлять использование правил из внешних модулей (см. Модули).
Рассмотрим следующий пример:
правило а: выход: "протестировать" оболочка: "эхо-тест> {вывод}" используйте правило a как b с: выход: "test2.out"
Как видно, мы сначала объявляем правило a, а затем повторно используем правило a как правило b, изменяя при этом только выходной файл и сохраняя все остальное без изменений.На самом деле часто можно изменить больше.
Аналогично правилу использования из внешних модулей, любые свойства правила (
вход
, выход
, журнал
, params
, benchmark
, потоков
, ресурсов
и т. Д.) изменен, за исключением фактического шага выполнения ( shell
, notebook
, script
, cwl
или run
).
Все неизмененные свойства наследуются от родительского правила.
Доступ к вспомогательным исходным файлам
Рабочие процессы Snakemake могут ссылаться на различные другие исходные файлы через пути относительно текущего Snakefile.
Это происходит, например, с директивой script или директивой conda.
Иногда необходимо получить доступ к дополнительным исходным файлам, которые находятся в каталоге относительно текущего Snakefile.
Поскольку рабочие процессы можно импортировать из удаленных мест (например, при использовании модулей), важно не делать этого вручную, чтобы Snakemake имел возможность кэшировать эти файлы локально до того, как они будут доступны.Это может быть достигнуто путем доступа к их пути через рабочий процесс .get_source
, который (а) вычисляет правильный путь относительно текущего файла Snake, чтобы к файлу можно было получить доступ из любого рабочего каталога, и (б) загружает удаленные файлы в локальный кеш:
правило а: выход: "протестировать" параметры: json = workflow.source_path ("../ resources / test.json") оболочка: "somecommand {params.json}> {output}"
Neural Input - обзор
6.4.5 Рефлексы на растяжение и «префлексы»: смещение и обратная связь по силе
Мышцы ног генерируют силы, которые поддерживают массу тела во время передвижения. Когда мышцы активируются на постоянном уровне нервной системой, они реагируют на растяжение, как амортизированные пружины (Houk and Henneman, 1967a; Partridge, 1967). Связанные последовательно с мышечными волокнами сухожилия вязкоупругие и способствуют этой реакции. Сопротивление растяжению можно рассматривать как форму управления с обратной связью по перемещению, в данном случае являющуюся результатом чисто механических свойств.Термин «префлекс» был придуман для описания такого управления с обратной связью (Loeb et al., 1999).
Обратная связь от сенсорных рецепторов, сигнализирующих о смещении и силе мышц, рефлекторно регулирует нервный сигнал, поступающий в мышцы, простейшим случаем является моносинаптический рефлекс растяжения, при котором афференты веретена, отвечающие на растяжение, активируют α -мотонейронов, которые иннервируют мышцы, несущие рецепторы, сопротивляясь. растяжка. Это также эквивалентно обратной связи смещения. Сначала считалось, что ТО имеют высокие пороги и служат только датчиками перегрузки.Фактически, как упоминалось выше, ансамбли афферентов TO сигнализируют об активной мышечной силе во всем физиологическом диапазоне (Houk and Henneman, 1967b; Prochazka and Wand, 1980; Stephens et al., 1975). Имеющиеся данные экспериментов на животных предполагают, что в спокойной позе TOs рефлекторно ингибируют гомонимные α -мотонейроны (Eccles et al., 1957), что эквивалентно отрицательной силовой обратной связи. Однако во время передвижения это рефлекторное действие переключается на возбуждение, что эквивалентно положительной обратной связи по силе (Conway et al., 1987). Интересно, что такой же тип обращения рефлексов встречается у палочников (Hellekes et al., 2012).
Положительная обратная связь с коэффициентом усиления разомкнутого контура больше единицы вызывает нестабильность в искусственных системах управления, и поэтому ее избегают при разработке систем сервоуправления. У животных усиление обратной связи по силе разомкнутого контура, опосредованное афферентами ТО, по-видимому, остается ниже единицы во время нормальной локомоции, отчасти потому, что мышцы производят меньше силы, когда они укорачиваются, что автоматически снижает усиление петли (Donelan and Pearson, 2004; Prochazka et al., 1997). Прирост разомкнутого контура может временно превышать единицу в подпрыгивающей походке, поскольку системы животных переключают усиление рефлексов между различными фазами цикла локомоторных шагов (Geyer et al., 2003). Например, положительная обратная связь по силе антигравитационных мышц ног, превышающая единицу в фазе стойки, приближается к нулю в последующей фазе поворота. Фазозависимая модуляция усиления рефлексов была продемонстрирована не только у четвероногих млекопитающих (Forssberg et al., 1975; Prochazka et al., 1978; Wand et al., 1980), но также и у ракообразных (DiCaprio, Clarac, 1981), насекомых (Bässler, 1986) и человека (Capaday, Stein, 1986; Stein and Capaday, 1988). Очевидно, это общий и широко распространенный механизм контроля сенсомоторного усиления у многих видов (Prochazka, 1989).
У людей было высказано предположение, что коротколатентный моносинаптический рефлекс растяжения, опосредованный афферентами веретена Ia, был доминирующим участником рефлексов растяжения во время передвижения (Capaday and Stein, 1986; Capaday, 2001, 2002).Sinkjaer et al. Оспаривают это, вместо этого предполагая, что афференты веретена группы II были основными участниками (Gray et al., 2001; Sinkjaer et al., 2000). Это, в свою очередь, было оспорено в экспериментах, в которых использовалась коротколатентная положительная силовая обратная связь, опосредованная афферентами TO (af Klint et al., 2010; Gray et al., 2007). В исследовании, проведенном на децеребрированных кошках, было оценено, что только вход ТО вносит вклад до 30% активации мышц-разгибателей во время движения, при этом очень мало данных, связанных с входом мышечного веретена (Donelan et al., 2009; Донелан и Пирсон, 2004; Stein et al.