00 вк: Купить Устройство коммутационное УК-ВК (исп. 00) (усил.рел. на 2 кан. вх.напр. 24В 40мА вых. до 245В 5А конт. на замыкание) Радий 004165 оптом, цена

Звоните сейчас

Основной бизнес:

Ракетки для крикета, ракетка для бадминтона, футбол, баскетбол, цикл упражнений, тренировочный бренч, подъемный материал для ожидания, тупицы, тропы, щиты, спортивная обувь, все предметы для крикета, плавательный костюм, карамболь, хоккей, челнок (Yonex, Cosco и т. Д.) , Поддон для стрельбы, мишень, все материалы для стрельбы.

Адрес:

Багван Махавир Марг

Рядом с Хатри Гали

Город: Бараут

Район: Багпат

Штат: Уттар-Прадеш

Штифт: 250611

мобильный:

9927641769

9760587011

Электронная почта:

vipinkjain77 @ gmail.com

Веб-сайт:

GSTIN:

Контактное лицо:

Сурендра Кумар Джайн и Випин Джайн

Рабочие часы:

:

Ракетки для крикета, ракетка для бадминтона, футбол, баскетбол, цикл упражнений, тренировочный бренч, подъемный материал для ожидания, тупицы, тропы, щиты, спортивная обувь, все предметы для крикета, плавательный костюм, карамболь, хоккей, челнок (Yonex, Cosco и т. Д.), Стрелковый поддон, мишень, все материалы для стрельбы.

पता:

भगवान महावीर मार्ग

खत्री गली के पास

नगर: बडौत

जिला: बागपत

राज्य: उत्तर प्रदेश

पिन: 250611

मोबाइल:

9927641769

9760587011

इमेल:

vipinkjain77 @ gmail.com

वेबसाइट:

जीएसटीआईएन:

:

सुरेन्द्र कुमार जैन & विपिन जैन

घंटे:

Поделиться страницей

Всего просмотров бизнес-страниц: 855

Бесплатное выставление счетов GST с приложением бухгалтерского учета

Загрузить сейчас

Быстро, просто и красиво.
Доступ в любое время и в любом месте с любого устройства

• GST Биллинг
• Биллинг без НДС
• Консолидированный счет
• Биллинг штрих-кода
• Экран биллинга POS
• Eway Bill JSON Скачать
• Финансовый учет
• Бесплатные обновления
• Полностью облачная система
• Удобный интерфейс
• Доступ в любое время
• Доступ откуда угодно
• Доступ с любого устройства
• Доступны видеоуроки
• Дневная книга
• Главная книга
• Кассовая книга
• Оборотный баланс
• Акции
• Отчеты GST
• Доступные форматы банкнот: A4, A5, Slip 4 дюйма, Slip 3 дюйма, Slip 2 дюйма
• Наша команда работает над добавлением новых функций

Better Bazar, система управления бизнесом и многое другое — в пути

Загрузить сейчас

Быстро, просто и красиво.
Все это занимает около 40 секунд для загрузки.

Развитие антителозависимой функции клеточной цитотоксичности у антител к ВИЧ-1

Существенные изменения:

1) Порядок мутаций не решен полностью, поэтому некоторые утверждения о порядке не подтверждаются. В качестве иллюстративного примера на Фигуре 3A показано, что несколько мутаций были приобретены между 0 _VH 0 _VL и 1 _VH 0 _VL , которые улучшили как ADCC, так и аффинность.Порядок этих мутаций и, следовательно, порядок улучшений ADCC и аффинности не решены. Аналогичным образом, дальнейшие мутации в 1 _VH 1 _VL резко улучшили как ADCC, так и аффинность. Но снова заказ не решен. Подобные аргументы можно привести для большинства клонов антител на рисунках 3 и 4. Таким образом, кажется ошибочным утверждать, что мутации сначала улучшают аффинность, а затем более поздние мутации улучшают ADCC, как подразумевается в аннотации. Несколько мест в тексте также подразумевают, что порядок мутаций был решен (например,грамм. «После этого шесть мутаций легкой цепи среди CDRL1, CDRL3 и FWRL2 увеличили связывание gp41 и активность ADCC в 006-1 _VH 1 _VL »). Есть ли доказательства, подтверждающие этот заказ? В отсутствие доказательств вполне вероятно, что эти мутации произошли переплетенным образом. Это следует пояснить в тексте.

Для решения пунктов 1, 2, 3 и 5, которые вызывают озабоченность по поводу утверждений о хронологии развития и выбора пар между промежуточными продуктами тяжелой и легкой цепей, мы хотели бы предложить более четкие объяснения наших подходов (здесь), а также поправки к текстовые (перечисляются по пунктам).

При продольном секвенировании антител мы отдавали приоритет глубине, а не точности каждой последовательности, потому что у нас уже была «достоверная» информация о спаривании из наших шести биологически изолированных антител к ADCC, и наша цель заключалась в том, чтобы вывести вероятные предковые последовательности (узлы) между наивными и зрелыми последовательностями. внутри каждой клональной филогении. Наш выбор методов секвенирования и анализа также был обусловлен характеристиками наших уникальных, ценных и старых образцов: они получены из периода времени до АРТ, что важно, но означает, что они хранились при температуре -80 ° C в течение ~ 20 лет. годы.С более многочисленными образцами мы хотели бы выполнить несколько подходов к секвенированию, например, как непарное, так и парное секвенирование, но в данном случае это было не так.

Чтобы достичь максимально возможной глубины с нашими продольными образцами, мы выполнили непарное массовое секвенирование с хорошо установленным протоколом, а не парное секвенирование, которое сильно сокращает глубину и не было широко практичным подходом на момент начала этого исследования. Как описано и подтверждено в предыдущем нашем исследовании (Simonich et al., 2019), мы разработали наш анализ, чтобы справиться с проблемами, возникающими из редко отобранных зашумленных данных. В частности, мы использовали байесовскую филогенетику для вывода наследственных последовательностей с учетом неопределенности в дереве, вместо того, чтобы использовать реконструкции наследственных последовательностей из одного дерева максимального правдоподобия, которое не признает неопределенность дерева, которая может быть довольно значительной. Хронология (порядок) этих предковых последовательностей решена настолько четко, насколько позволяют данные секвенирования и анализы; некоторые пути разрешаются до 1-2 замен AA на упорядоченный шаг, в то время как другим не хватает точного разрешения, и большие скачки, содержащие множество замен AA, происходят между предполагаемыми предковыми последовательностями.Разрешение каждой линии можно увидеть на Рисунке 4 — рисунки в дополнениях 1-3, с примером основного текста, который теперь включен как Рисунок 4.

Сильной стороной нашего подхода является то, что мы разработали специальные инструменты, позволяющие уверенно реконструировать упорядочение наследственных последовательностей (и, таким образом, мутаций, происходящих между ними), даже если наши биологические образцы довольно старые. Другими словами, мы не использовали готовые вычислительные методы, разработанные для решения других биологических задач, и не адаптировали их для исследования последовательностей антител.Это действительно захватывающе; Если бы у нас было больше образцов, нам бы не пришлось так усердно работать для достижения этой цели. В целом, используя полученные нами данные о продольном секвенировании, мы сделали как можно больше уверенных выводов о том, какие мутации возникли раньше других, и именно эти промежуточные последовательности мы объединили в mAb и протестировали.

Поскольку этот подход позволил сделать вывод о наиболее вероятных путях развития, принимаемых отдельными цепями антител (тяжелыми и легкими, независимо), наши предполагаемые предковые последовательности действительно не являются парными, как подчеркивается в пунктах 1, 2 и 3 рецензентов.Как указано ниже, мы добавили текст, чтобы более подробно объяснить, что наши экспериментальные пары не отражают истинные биологические промежуточные соединения. Действительно, мы не ставили перед собой задачу точно определить парные промежуточные соединения, которые привели к функции ADCC антитела. Скорее, наша цель состояла в том, чтобы определить биологически обоснованные минимальные мутации (в идеале в форме высоковероятной вычисленной предковой последовательности), которые необходимы для клонов антител, чтобы получить функцию ADCC. В конечном итоге мы использовали данные секвенирования и вычислительный анализ, чтобы узнать, что является вероятным с точки зрения развития антител с течением времени, и, в конце концов, результаты этого подхода — это то, что движет этой историей, а именно, что для достижения необходимы мутации CDR и FWR. высокая активность ADCC и сродство связывания не являются исключительной причиной активности ADCC.Более того, это первое исследование поэтапного развития антител к ADCC, и мы считаем откровенно замечательным, что нашли темы среди шести исследуемых линий.

Изменения текста в соответствии с пунктами 1, 2 и 3:

— Уточненные объяснения наших методов, которые определяли хронологию весьма вероятных наследственных последовательностей в пределах одной цепи (тяжелой или легкой), но не каждой отдельной мутации в каждой цепи (Введение, Результаты, Обсуждение и Материалы и методы).

— Измененный текст, в котором неточно указывается хронология мутаций тяжелой и легкой цепей (Аннотация, результаты и обсуждение).

2) Точность спаривания между тяжелыми и легкими цепями является ключевым вопросом и требует уточнения. В этом исследовании последовательности тяжелой и легкой цепей реконструируются отдельно на основе последовательностей зрелых антител. Результаты экспериментов в значительной степени зависят от правильной идентификации соответствующих тяжелых и легких цепей.Результаты было бы легче интерпретировать и, возможно, лучше поддержать, если бы авторы могли оценить точность этой стратегии вычислительного спаривания, возможно, используя «основную истину» из наборов данных парного секвенирования тяжелой и легкой цепей. В противном случае авторы должны признать это предостережение, в идеале, в основном тексте.

Эти проблемы рассматриваются выше в ответ на пункты 1, 2, 3 и 5, включая список изменений в тексте.

3) Опять же, поскольку авторы реконструировали истории мутаций тяжелой и легкой цепей по отдельности, у нас нет прямой информации о совместном возникновении мутаций тяжелой и легкой цепей.Таким образом, пары последовательностей тяжелой и легкой цепей и мутации, которые они несут, являются произвольными и могут не представлять фактические комбинации мутаций, которые вместе присутствовали в истинном промежуточном продукте. В идеале авторы должны подтвердить или оценить точность относительного времени или совместной встречаемости мутаций. Этого, возможно, можно было бы достичь, используя набор данных парного секвенирования тяжелой-легкой цепи, как указано выше. В противном случае авторам следует уточнить в тексте, что реконструированные промежуточные звенья (напр.грамм. 1 _VH 1 _VL , 1 _VH 2 _VL и 2 _VH 2 _VL на рисунке 3B) произвольно спарены и могут не представлять комбинации мутаций в истинных промежуточных продуктах.

Эти проблемы рассматриваются выше в ответ на пункты 1, 2, 3 и 5, включая список изменений в тексте.

4) Основное беспокойство вызывает отсутствие анализа области Fc нативного антитела с течением времени, учитывая центральную природу этой части антитела для функций ADCC.Возможно, из этого не будет никаких изменений или каких-либо выводов. Однако это было бы важным открытием само по себе и показало бы важность анализа Fab. Такой анализ сделал бы рукопись намного сильнее.

На основании литературы в этой области, Fc-область антител (фактически вся константная область, часть которой включена в Fab-часть) остается стабильной в человеческих антителах. В частности, в константной области антител отсутствуют мутации, поскольку фермент AID (индуцированная активацией цитидиндезаминаза), ответственный за соматическую гипермутацию, не получает доступа к константным областям генов Ig (Longerich et al., 2005; Peled et al., 2008), даже несмотря на то, что AID требуется для рекомбинации переключения классов, которая происходит выше 5 ’конца каждого константного гена тяжелой цепи (Muramatsu et al., 2000; Stavnezer, Guikema and Schrader, 2008). Имея в виду эти понятия, мы решили выполнить полноразмерное секвенирование вариабельной области, которое включало достаточное количество последовательности в константную область для определения изотипа антитела. Этот подход позволил нам определить влияние AID-опосредованной соматической гипермутации на развитие ADCC в клонах антител, и, действительно, наши данные демонстрируют, что мутации вариабельной области влияют на функцию ADCC, хотя активность ADCC является Fc-опосредованным процессом.

Однако мы слышим и полностью согласны с вашей точкой зрения о том, что активность ADCC опосредована Fc, и представляет интерес информация о частях Fc этих антител (последовательность, угол связывания, изотип и подкласс). Во введении мы пояснили, что все эти антитела относятся к подклассу IgG1. Несмотря на вышеупомянутую догму о том, что константные области остаются неизмененными в результате эволюции клонов антител, мы сожалеем, что нам не хватает образцов для полной последовательности константных областей этих клонов, потому что, если бы мы обнаружили мутации в этих областях, это действительно было бы важным и чрезвычайно неожиданным. и новая находка.

5) Первая временная точка выборки довольно поздно, более 400 дней. Комментарии о предполагаемых изменениях ранее были бы полезны.

В приведенном выше ответе на пункты 1, 2, 3 и 5 мы проясняем степень нашей способности предсказывать упорядоченные изменения на основе последовательностей клональных антител в различные моменты времени. В частности, в ответ на этот комментарий мы добавили информацию о моментах времени к совпадениям NGS (зеленые и желтые звезды) в пределах путей, представленных на рисунке 4 — рисунки в приложениях 1-3.Таким образом, читатели могут сделать вывод, какие предполагаемые наследственные последовательности, возможно, присутствовали в определенные моменты времени после заражения или после них. Хотя мы не можем с уверенностью проанализировать порядок мутаций, произошедших ранее, чем на 462-й день после инфицирования, дальше, чем мы уже сделали, мы добавили текст в раздел «Обсуждение», чтобы отметить, что три клональных семейства VH (006, 067 и 105) содержат только D462. Последовательности NGS (Таблица 2) и, таким образом, все выводы о развитии для этих трех семейств, вероятно, произошли до D462 (Обсуждение).

6) Существует интерес к потенциальному ускользанию от антител к ADCC как к аргументу о давлении, оказываемом этими ответами — с их исследованиями эволюции и знанием эпитопов авторы могут сделать выводы о побеге ADCC, и комментарии по этому вопросу будут быть полезным.

Мы добавили в раздел «Результаты» данные о (отсутствии) доказательств для продольного мутационного ускользания Env от клонов 067, 072 и 105, которые все имеют линейные пептидные эпитопы.Эпитопы 067 и 072 полностью стабильны между 21 и 1729 dpi. Для линии 105 мы точно картировали эпитоп как предполагаемого наивного mAb, так и зрелого mAb, обнаружив, что положения остатков, составляющих эпитоп, остаются стабильными и что существует мало доказательств сильного селективного давления на эти остатки между 21 dpi и 1729 dpi. . Добавляя дополнительный раздел о картировании эпитопа 105 клонов, мы также добавили Меган Гарретт в качестве автора статьи за ее вклад в эту работу.К сожалению, линии 006, 016 и 157 нацелены на прерывистые эпитопы, поэтому мы не можем здесь прокомментировать побег без значительных дополнительных экспериментов.

Изменения в тексте: Результаты, Обсуждение, Материалы и методы, Рисунок 9, Рисунок 9 — дополнения к рисунку 1-2, Рисунок 9 — исходные данные 1, Рисунок 9 — исходные данные 1-3.

7) Это укрепило бы аргумент в пользу включения оценки широты активности ADCC и того, как она вписывается в эволюционные пути.

Мы добавили оценку развития ADCC в двух клонах, нацеленных на gp120, насколько это возможно, учитывая их зрелые профили ширины (Williams et al., 2015). В частности, мы добавили данные для RFADCC против двух (линия 105) или пяти (линия 157) дополнительных штаммов ВИЧ, включая аутологичный переданный вирус-основатель (только линия 157). Изменения в тексте включают добавление рисунка 6 — добавление к рисунку 1, а также результатов, обсуждения и материалов и методов. Результаты показывают, что полная ширина развилась после начальной активности ADCC в обеих линиях. Эти данные действительно укрепляют исследование; Спасибо за предложение. Мы сохраняем уверенность в том, что BL035 gp120 является основным белком оболочки RFADCC для антител, нацеленных на gp120, в этом исследовании, поскольку ранее мы продемонстрировали, что этот штамм является репрезентативным для результатов RFADCC среди семи различных gp120 из разных клад (Milligan et al., 2015). Этот экспериментальный выбор теперь поясняется в Обсуждении.

К сожалению, широкие исследования RFADCC невозможны для клонов, нацеленных на gp41. Существует очень ограниченное количество белков оболочки gp41, доступных для экспериментального использования, и первые попытки с MN gp41 не дали сигнала RFADCC. На данный момент эктодомен C.ZA.1197MB gp41 является единственным эффективным белком оболочки RFADCC, доступным для клонов, нацеленных на gp41.

Артикул:

Лонгерих, С., Танака, А., Бозек, Г., Николае, Д., и Сторб, У. (2005). Сам 5′-конец и константная область генов Ig защищены от соматической мутации, потому что AID не имеет доступа к этим областям. J Exp Med, 202 (10), 1443-1454. DOI: 10.1084 / jem.20051604Muramatsu, M., Kinoshita, K., Fagarasan, S., Yamada, S., Shinkai, Y., and Honjo, T. (2000). Для рекомбинации с переключением классов и гипермутации требуется индуцированная активацией цитидиндезаминаза (AID), потенциальный фермент редактирования РНК. Ячейка, 102 (5), 553-563. DOI: 10.1016 / s0092-8674 (00) 00078-7Peled, J.U., Kuang, F.Л., Иглесиас-Уссел, М. Д., Роа, С., Калис, С. Л., Гудман, М. Ф., и Шарфф, М. Д. (2008). Биохимия соматической гипермутации. Анну Рев Иммунол, 26, 481-511. DOI: 10.1146 / annurev.immunol.26.021607.0